BioNovice

BIONOVICE, splet bioznanosti in biotehnologije

2011-04-20T22:27:00.001+02:00

Vabljeni k ogledu

BIONOVICE, splet bioznanosti in biotehnologije

2011-04-06T06:38:00.000+02:00

V mesecu aprilu je zaživela nova spletna podoba portala BIONOVICE, splet bioznanosti in biotehnologije.

BIONOVICE, splet bioznanosti in biotehnologije vsebuje določene pomembne spremembe, katerih bodo posebej veseli vsi, ki želijo strokovno komunicirati s širšo javnostjo in slovenska biotehnološka podjetja v začetni razvojni fazi.

Strokovnjakom omogočamo, da si ustvarijo uporabniško ime, preko katerega lahko strokovno utemeljeno komunicirajo in objavljajo prispevke na portalu BIONOVICE.

Omogočamo brezplačno oglaševanje vsem organizatorjem konferenc, katerih vsebina je povezana z bioznanostjo ali biotehnologijo in biotehnološkim podjetjem, ki delujejo v Sloveniji, da se predstavijo. Oglaševanje je brezplačno do konca leta 2011.

Poleg oglasa pa nudimo tudi zaposlitveni portal preko katerega lahko podjetja oddajo zaposlitveno ponudbo in tako lažje dostopajo do novih kadrov.

Vljudno vabljeni, da nas obiščete na http://bionovice.si :)

SREČNO 2011

2010-12-30T23:57:00.001+01:00

30.12.2010

Vsem bralkam in bralcem želim veliko zdravja, sreče in veselja v letu 2011.

Borut Jerman

Razlogi za težave ponudnikov genetskih preiskav

2010-07-02T15:34:00.004+02:00

02.07.2010, Borut Jerman Posredujte prijateljem

Težavam s katerimi se soočajo podjetja, ki nudijo genetske preiskave na osnovi polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) po celotnem človeškem genomu, pričakovano ni videti konca. Do danes so se pojavile tudi sicer nepričakovane težave nekaterih ponudnikov, a so stranke na te opozorili in jih javno predstavili.

Podjetja, ki nudijo genetske preiskave na osnovi testov, ki analizirajo polimorfizem posameznih nukleotidov (SNP) po celotnem človeškem genomu in storitev omogočajo direktno potrošniku (angl. Direct-to-consumer genetic-testing companies) so tržno v velikem zagonu, a skrbi stroke o morebitnih prenagljani ali nepravilnih interpretacijah in neučinkovitosti testov bi lahko narekovali drage regulatorne ukrepe za celotno dejavnost. Ameriška agencija za prehrano in zdravila (FDA) napoveduje zakonodajno urejeno delovanje, kar bi lahko primarno zavrlo delovanje mnogih ponudnikov, ki bi morali sledili strogim postopkom in preverbam FDA, da dokažejo varnost in učinkovitost testov, ki jih nudijo. Slednje je smiselno predvsem zato, saj kljub izjemnim napredkom in poznani povezanosti več kot 1000 genetskih varian z posameznikovimi lastnostmi in tveganji za razvoj obolenj, razumevanje človeškega genoma še ni dokončno.

Mnogi ugledni znanstveniki so po prvih primerjavah rezultatov različnih podjetij zapisali priporočila,z namenom izboljšanja in primerljivosti storitev različnih ponudnikov, da bi lahko kar najbolje naročniku razložili obširne pridobljene rezultate genetske preiskave (Več o predlaganih priporočilih najdete v prispevku Genetske preiskave - nove smernice).

A korakov, pri katerih lahko pride do napak je očitno še mnogo več, kot se je to sprva zdelo. O ta hip najbolj zanimivi napaki je poročalo podjetje 23andMe, ki so jo sicer hitro odkrili in popravili, ki je bila najverjetneje posledica zamenjave vzorcev naročnikov, podrobnosti o dogodku najdemo v zapisu Daniela MacArthurja objavljeno na blogu Genetic future.

(Ne)zavedne napake pa lahko izhajajo tudi iz slednjih razlogov:

Pri mnogih podjetjih tako v svetu, kot tudi v Sloveniji primanjkuje strokovnjakov, ki bi imeli ustrezno izobrazbo ali predhodne reference s področja genetskih preiskav pri ljudeh in nasploh. Omenjeno je iz praktičnih razlogov lahko posebej kritično.
Preverljivo najdemo primere podjetij, ki storitev opravljajo, a nimajo v predstavitvi zagotovil ali dokazil, da njihovo delo izpolnjuje pogoje skladne z dobro laboratorijsko prakso (GLP).
Podjetja nimajo ali ne navajajo pridobljene akreditacije za opravljanje genetske dejavnosti.
Sam standard kakovosti s strani proizvajalca genskih testov ni dovolj, saj imajo podjetja opraviti z logistiko biološkega materiala (slina ali kri), izvedbo testa, interpretacijo podatkov, genetskim svetovanjem, varovanjem podatkov in drugimi zakonodajnimi obveznostmi, ki so na posameznih trgih različna.
Predhodni rezultati študij na katere se podjetja pri interpretaciji rezultatov opirajo morda niso zajela dovolj velikega števila preiskovancev, da bi lahko zagotovili ustrezno statistično moč.
Interpretacija in razumevanje visokozmogljivih genetskih preiskav predstavlja izjemen izziv še danes, ne samo posameznemu raziskovalcu, temveč celotni svetovni znanosti.

Omenjene razloge navajamo z namenom, da bi slovenska podjetja kar najhitrje dosegla najvišjo, svetovno primerljivo kakovost in delovala transparentno. Danes namreč kljub dejavnosti še ni ustrezne zakonodaje, ki bi narekovala zahteve pogojev, ki jih morajo podjetja dosegati za opravljanje omenjene storitve (več v prispevku Genska zakonodaja - Ali regulatorji sledijo dogajanju na slovenskem trgu?).

Izjemno hiter upad cene testa s strani proizvajalcev je po tržno ekonomskih kriterijih silil genetska podjetja k zniževanju cen storitev do te mere, da je preiskava postala lahko dostopna posamezniku, ki mu je primarno namenjena (več v prispevku Genetska analiza že za 199 USD). Kot raziskovalca na področju biomedicine, me je drastično nižanje cen ves čas presenečalo in izzvalo občutke kot, da podjetja za prevlado na trgu opravijo genetsko preiskavo praktično brezplačno ali celo na svoje stroške ter programsko interpetirajo rezultate, genetsko svetovanje pa izvedejo v obliki vsebin, ki jih povzamejo ali prevedejo iz povzetkov posameznih znanstvenih študij, ki se nanašajo na enake, podobne ali "približno" podobne rezultate. A razloge za nizko ceno najdemo verjetno v močni konkurenci, visoki produktivnosti, nizki ceni osnovnih testov, ter nenazadnje v neobremenjenosti ponudnikov storitev s strani agencij FDA in EMEA.

Zagovorniki prostega trga pozivajo, da bi podjetja delovala čim bolj transparentno in se nagibajo k stališčem, da bi napovedan nadzor FDA dejavnost prej zavrl, kot pa prinesel kaj dobrega (več v prispevku Genetski testi v prihodnje pod nadzor FDA). V nekaterih državah EU je področje dobro urejeno in lahko pričakujemo dodatne zahteve, do takrat pa veljajo jasna priporočila, kako naj podjetja, ki nudijo genetske preiskave delujejo, da se doseže kar največja korist za naročnike preiskav. Vendar največje težave v Sloveniji so ravno v tem, da podjetja delujejo žal nedovolj transparentno (dokaz za to je, da pred naročilom preiskave naročnika ne seznanijo na preprost in razumljiv način na kakšni osnovi bodo njegovi rezultati interpretirani in katere metode bodo pri izračunih uporabljene) in obljubljajo morda veliko preveč, saj v ponudbi lahko zasledimo tveganja za razvoj obolenj, pri katerih prevlada vpliv okolja nad genetskim dejavnikom, ali pa genetski dejavnik še ni kvantitativno ovrednoten in je predmet intenzivnih raziskav. Preprosto in hitro lahko tudi ugotovimo, da ni prav nobenih kliničnih študij s strani slovenskih podjetij v teku, ki bi dokazovale varnost in učinkovitost genetskih označevalcev, ki jih zajemajo in preiskujejo v okviru genetske preiskave in prodajajo kot rezultat. Vendar jim danes to ni moč očitati kot kršitev, saj od njih omenjenih preverb nihče ne zahteva. A skoraj gotovo je, da tovrstni rezultati ne bodo imeli klinično veljavne moči, na katero bi se lahko oprli zdravniki pri izboru najustreznejše terapije.

Seveda je moč najti tudi podjetja in javne institucije, katerih preiskave so usmerjene na bolje proučene ali klinično pomembne dele genoma, za katere obstajajo dokazi o povezanosti tveganj za razvoj obolenj ali priporočila za izbor ustrezne terapije ali diete v primerih preobčutljivost ali netolerantnosti na surovine določenih živil. Na tovrstne genetske preiskave bo praviloma pacient poslan po oceni zdravnika preko napotnice. Edino slednje genetske preiskave imajo danes klinično veljavno vrednost, ki pa je za naročnika najpomembnejša.

Do končnih ciljev osebne sodobne biomedicine, ko bo celoten variabilen genetski profil posameznika, ki ga opravljajo slovenska podjetja del zdravstvenih podatkov smo še oddaljeni, a s sljednjimi bo gotovo moč bolje predviditi potencialna dedna obolenja in izbirati najustreznejši način življenja, terapijo ter prehrano. Razumljivo je, da podjetja v začetnih fazah potrebujejo določen čas, da se prilagodijo zahtevam medicine in trga. Vendar je bilo ob ustanovitvi slednjih moč slutiti, da bodo pred pričetnom poslovanja in oglaševanja predstavljenim zahtevam zadostila, a trenutno vse se kaže, da je sedanji poslovni model neustrezen in morda celo moralno sporen do naročnikov. Zalogaj, ki ga predstavlja človeški genom je velik in le najboljši bodo prispevali k boljši kakovosti posameznikovega življenja.

Razlogi za težave ponudnikov genetskih preiskav by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.

Okužba z virusom gripe H5N1 na Kitajskem

2010-06-16T11:20:00.000+02:00

16.06.2010, Borut Jerman
Kitajsko ministrstvo za zdravje je prejšni teden sporočilo, da so ugotovili smrtni primer okužbe s ptičjo različico virusa gripe tip H5N1. Kot je zapisano v sporočilu svetovne zdravstvene organizacije (WHO), predpostavljajo kot vir okužbe kontakt z bolno in mrtvo perutnino. Incidenco okužb z virusom ptičje gripe po letih si lahko ogledate na povezavi. Več informacij o virusu pričje gripe najdete strani WHO avian influenza.

Vir: World Health Organization, WHO

Genetski testi v prihodnje pod nadzor FDA

2010-06-14T16:45:00.007+02:00

14.06.2010, Borut Jerman Posredujte prijateljem

V ZDA je Agencija za hrano in zdravila (Food and Drug Administration, FDA) poslala javno zahtevo podjetjem, ki nudijo storitve genetskih preiskav posameznikom, da storitev prijavijo v preverbo agenciji kot to sicer velja za medicinske pripomočke (medical devices). Podjetja bodo morala dokazati, da so njihovi genetski testi, s katerimi opravljajo genetske preiskave - varni in učinkoviti. S tem se končuje obdobje, ko so ponudniki genetskih preiskav posameznikom, katerih testi temeljijo predvsem na visokozmogljivostnih presejalnih testih, lahko opravljali storitev, ne da bi pred tem dobili dovoljenje najpomembnejšega regulatorja za prehrano in zdravila v ZDA. Razlog za tako svobodo je bil predvsem v tem, da je dejavnost opazneje zaživela šele pred tremi leti (pomembno leto 2007), ko so se na trgu začela intenzivno ustanavljati genetska podjetja in posredniki genetskih preiskav, ki opravljajo ali analizirajo genetske rezultate posameznika, s katerimi je mogoče napovedati posameznikove dedne lastnosti. Tovrstni genetski testi niso bili del običajne prenatalne diagnostike ali klinične genetike, ki je že več desetletij rutinsko opravlja, saj temeljijo na preiskavi celotnega genoma človeka, kar je pozitivno, a so kompleksnejši za analizo in interpretacijo, kar se v primeru pomanjkljivega znanja in kakovosti ponudnika lahko izkaže za zelo negativno.

Zanimivo bo spremljati, kako hitro se bodo lahko podjetja, ki že opravljajo storitev na svetovnem trgu na zahtevo prilagodila in ali bo prišlo do umika podjetij s trga v ZDA, katerih poslovanje ni v najboljši formi, saj registracija medicinskih pripomočkov pri FDA ni ravno poceni.

Podobne ukrepe v EU bi si lahko le želeli, saj so tudi na slovenskem trgu genetska podjetja, ki nimajo preverjene kakovosti in učinkovitosti genetskega testa ter jih zaenkrat še nihče ne preverja. Tovrtsni regulatorni ukrepi učinkovito preženejo ponudnike preiskav, ki napovedujejo lastnosti posameznika, katerih ne gre prav z gotovostjo iskati v genetski zasnovi in na drugi strani novince, ki storitev ponudijo posameznikom ter se šele nato, ko imajo ponudbo že na trgu iz analiz interpretacije učijo. Bloger Daniel MacArthur (blog Genetic Future) je našel zelo ekstremne primere genetskih podjetij in jih uvrstil v rubriko t.i. Slabe genetike.

Genetski testi v prihodnje pod nadzor FDA by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.

Promet pomembnejši kot zdravje prebivalstva

2010-06-03T11:24:00.008+02:00

03.06.2010, Borut Jerman Posredujte prijateljem

Vse bolj se zavedamo, kako škodljivo za zdravje je onesnažen zrak v mestih. Zaprtje najožjega dela Ljubljane je vlilo upe, da bo mesto postalo manj obremenjeno s prometom, vendar je izjemno dober projekt hitro naletel na številne odpore. Z zaprtjem starega mestnega središča je bilo doseženo zelo malo in prava pot k boljši kakovosti zraka je zastala. Da gre za resnost situacije opozarjajo tudi na oddelku za varovanje okolja Mestne občine Ljubljana v intervjuju objavljenem danes v časniku Dnevnik: V prvih štirih mesecih letošnjega leta prekoračili dovoljene vrednosti prašnih delcev. Pri tem, kot navajajo, je skrb zbujajoč podatek, da je bila vrednost letos približno v 120 dneh presežena 43-krat, kar lahko razumemo, da je vsak tretji dan kakovost zraka slabša kot to dovoljujejo predpisi. Zakonsko dovoljena meja onesnaženosti zraka z delci PM10 v Sloveniji pa je še za 20 % višja kot to določa evropska direktiva. Upravičeno lahko špekuliramo, da v kolikor bi postavili zakonsko dovoljeno mejo onesnaženosti zraka z delci PM10 skladno z evropsko direktivo, bi morda ugotovili, da sploh ni več dneva, ko je zrak ustrezne kakovosti. Pristojne in odgovorne institucije bi morale ukrepati takoj s spremembami, ki bi zmanjšale promet vsaj v mestih, saj s tem nastaja nepopravljiva škoda za zdravje prebivalstva ( vir delcev PM10, ARSO 2007). Na ugotovljeno povezavo med onesnaženostjo zraka zaradi prometa in pljučnim rakom pri nekadilcih opozarja tudi nizozemska študija, ki jo najdete na povezavi.

Viri:

Dnevnik

Beelen R, Hoek G, van den Brandt PA, Goldbohm RA, Fischer P, Schouten LJ, Armstrong B, Brunekreef B. Long-term exposure to traffic-related air pollution and lung cancer risk. Epidemiology. 2008 Sep;19(5):702-10.

Promet pomembnejši kot zdravje prebivalstva by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na http://www.dnevnik.si/.

Razpis za denarne podpore mladim doktorantom in doktorjem znanosti

2010-06-02T14:03:00.001+02:00

02.06.2010, Borut Jerman
Ustanova Slovenska znanstvena fundacija, ki skoraj vsako leto razpisuje štipendije za mlade doktorante in doktorje znanosti tudi letos razpisuje do 10 štipendij v obliki denarnih podpor mladim doktorandom in doktorjem znanosti. Sredstva so na voljo iz nacionalnega štipendijskega programa Svetovne federacije znanstvenikov, na razpis pa se je mogoče prijaviti do 10.06.2010.

Več o aktualni novici in razpisnih pogojih si lahko preberete na spletni strani Ustanove Slovenske znanstvene fundacije.

Novica povzeta po vsebini objavljeni na http://www.szf.si/

Razstava Človeški genom v ljubljanskem BTC Cityju

2010-06-02T10:47:00.002+02:00

02.06.2010, Borut Jerman
Z veseljem sem prebral novico, ki jo posredujem tudi vam bralcem bloga BioNovice, da bo v spodnji etaži Emporiuma v BTC City Ljubljana odprla vrata razstava Človeški genom, ki jo družba BTC pripravlja v sodelovanju s Slovensko znanstveno fundacijo. Otvoritev razstave bo jutri, 03.06.2010 ob 11 uri, razstava pa bo v poletnem obdobju kot sporoča organizator na ogled vsak dan, od ponedeljka do sobote, med 9. in 20. uro.

Mikroorganizem s sintetičnim genomom

2010-05-27T16:01:00.006+02:00

27.05.2010, Borut Jerman

Prejšni teden se je svetovna javnost seznanila z novico o mikroorganizmu z dedno zasnovo, ki so jo kemijsko sintetizirali v laboratoriju. S tem smo priča novi vrsti Mycoplasma mycoides s sintetičnim genomom, katerega evolucijo bo moč spremljati od samega začetka dalje. Gre za pomemben znanstveni dosežek, ki ga lahko primerjamo s poskusi kloniranja različnih živalskih vrst, z določitvijo celotnega zaporedja človeškega genoma, strukturo DNA, in še bi lahko naštevali. No, pri dosežku ne gre za povsem nepričakovano novost, kar je omenil že prof.dr. Marko Dolinar v prispevku Rojstvo Sintije. A kljub temu, raziskovalcem na ameriškem inštitutu The J. Craig Venter Institute, katerega ustanovitelj je izjemno ugledni genetik J. Craig Venter, je uspelo konstruirati genom, ki omogoča praktično vse, kar je minimalno potrebno za življenje.

Z napovedmi o sintetično konstruiranem organizmu sem se prvič seznanil že na 1. FEMS kongresu leta 2003, ki je potekal v Cankarjevem domu v Ljubljani. Pri tem je zanimivo to, da so pravilno napovedali potencialni prejemni mikroorganizem že takrat in to napoved sedaj uresničili. S tem uspehom se bo morda iz krize počasi izvila tudi sintezna biologija (Recesija ni obšla sintezne biologije, blog Nove biologije). Kot napovedujejo avtorji revolucionarne objave je pričakovati, da ko bo tehnologija izpopolnjena in cenovno dostopnejša, bomo nadalje priča mnogim novim biotehnološkim napredkom in rešitvam.

Prevod povzetka študije Creation of a Bacterial Cell by a Chemically Synthesized Genome si lahko preberete na povezavi bloga Mikrobiolog: Sintetična bakterijska celica.

Povezava do študije Creation of a Bacterial Cell by a Chemically Synthesized Genome objavljene v Sciencexpress.org

Mikroorganizem s sintetičnim genomom by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na http://www.sciencexpress.org/.

Biotehnologija za "bio" obarvano prihodnost

2010-05-18T13:47:00.003+02:00

18.05.2010, Borut Jerman

Že nekaj časa je znano, da se v Sloveniji iščejo ideje in načini, kako v okvirih zmožnosti z vlaganjem javnih in/ali zasebnih sredstev v raziskave in razvoj priti do finančno uspešnih in samostojno živečih raziskovalnih centrov in podjetij, katerih temelji bi bili zasnovani na inovativni, okolju prijazni in dobičkonostni tehnologiji, ki zagotavljajo tolikšno dodano vrednost,da je mogoče ohraniti idealno medčloveško solidarnost, hkrati pa ne predstavljajo obremenitev za okolje.

Biotehnologija je danes praktično že prisotna na skoraj vseh področjih. Procesi na katerih temelji življenje organizmov so lahko tehnološko uporabljeni. Biotehnologija omogoča okolju prijazno dejavnost, ki je lahko usmerjena k izboljšanju kakovosti življenja, prehrane (slika: Spomladanska pridelava solate Ljubljanska ledenka, foto: Borut Jerman), k izboljšanju pri pridobivanju alternativnih in obnovljivih virov energije ter k odpravi "napak", ki so nastale v času "umazane težke industrijske revolucije".

Z ekonomskih vidikov pa se izkazuje, da je dolgoročno biotehnologija dobičkonosna dejavnost. Kot vsako tehnologijo, tudi biotehnologijo spremljajo številna tveganja, vendar v ta namen potekajo tudi raziskave, ki dajejo podlago za oblikovanje smernic in zakonodaj ter nudijo rešitve za preprečevanje in zmanjševanje tveganj.

Biotehnologija za "bio" obarvano prihodnost by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.

Zlatá vredna mrzla mrzlica

2010-05-10T15:08:00.008+02:00

10.05.2010, Jaka Kragelj (GOSTUJOČI PRISPEVEK)
Pod besedno zvezo naravna bogastva severne Norveške bi utegnili najprej pomisliti na prelepe fjorde ali tudi na zaloge nafte in zemeljskega plina, ki potiskata Norveško ekonomijo. Kot biokemik pa tega pojma ne razumem kot nekaj kar se trži kot turistično atrakcijo ali surovino, ampak kot biološko raznovrstnost. Ta lahko služi raziskavam ali malim biotehnološkim podjetjem.

Iskanje za uporabnimi biološkimi molekulami v arktičnih območjih postaja zanimivo. Tako raziskovanje je sicer cvetelo tudi prej, le da v tropskih gozdovih in na koralnih grebenih, ki so materializirana biodiverziteta. V teh krajih se je našlo veliko snovi s protitumorskim, protimikrobnim, protivnetnim delovanjem ali kakšno drugo uporabno biološko aktovnostjo. Raziskovanje v arktiki se začenja šele sedaj. Arktika ima namreč tudi veliko za ponudit. S svojim biološkim svetom, prilagojenim na povsem drugačne razmere kot so tropi, ponuja drugačen nabor potencialnih kandidatov za zdravila. Da je to dejstvo prišlo v širše zavedanje je bilo potrebno nekaj časa, zato je raziskovanje arktičnih morji postalo ''in'' šele to desetletje. Z dovolj pozornosti, ki je takim raziskavam namenjena zadnje čase, pa se najdejo tudi sredstva, ki so še zadnja ovira pri zagonu večjih projektov.

Svet za raziskave Norveške je takšnemu večjemu projektu MabCent v letih 2002 – 2006 vsako leto namenil 13 milijonov evrov za raziskave in infrastrukturo. Ta znesek se bo po petlejih višal, za zadnje petletje (2007-2011) znaša 17,5 milijonov evrov letno [1], [2].

MabCent-CRI (center for research based inovation) ima sedež v Tromsu, uradno najsevernejšem mestu na svetu s nekaj čez 60000 prebivalci [3]. Tromsø se nahaja v polarnem pasu in ima glede na svojo lego mile zime zaradi toplega severnoatlantskega toka. Ta njegov edinstven položaj omogoča odprave proti Svalbardu in ostalim otokom arktičnega oceana.

Prikaži večji zemljevid

Celotna zamisel centra izgleda tako, da najprej v morju nalovijo nevretenčarje in zberejo vzorce alg ter bakterij. Ti vzorci nato predstavljajo knjižnico iz katere pripravijo ekstrakte in frakcije, ki so testirane za biološkimi aktivnostimi. Vse prečesovanje vzorcev poteka s pomočjo robotov, ki opravljajo teste na celičnih kulturah ali teste inhibicije encimov ključnih za razvoj določenih bolezni [4].

Še bolj zanimiv podprojekt MabCenta je metagenomika morskih sedimentov. Prva stopnja dela je ekstrakcija prokariontske DNA iz sedimentov globokega morskega dna. Celokupno izolirano DNA se nato sekvenira, s čimer se dobi knjižnico vseh genov vseh tam živečih bakterij in arhej. Ker prokaronti nimajo intronov se s sprehodom skozi dobljena nukleotidna zaporedja z lahkoto najde morebitno zanimive gene in te nadalje rekombinantno izrazi.

MabCent ne stoji sam zase, povezan je z univerzo, ki prispeva denar, strokovno osebje in določene storitve. Za sofinanciranje in razvoj pa je povezan še s tremi komercialnimi partnerji Biotec Pharmacon, Lytix Biopharma in Pronova Biopharma. Prvi dve imata tako kot MabCent sedež v Tromsu. Lytix Biopharma ima en izdelek, ki je še v začetnih fazah testiranja, preostali podjetji pa že imata kaj za ponudit, prav tako imata delnice na borzi v Oslu (Biotec Pharmacon, Pronova Biopharma).

Ker se mi podjetje Biotech Pharmacon zdi zanimivo, bom za konec predstavil še tega. Že zdaj imajo na trgu tri termolabilne encime izolirane iz tamkajšnjih živali, ki so prilagojene na mraz. Ti so alkalna fosfataza in deoksiribonukleaza iz kozice ter uracil-DNA N-glikozilaza trske. Vsi se uporabljajo pri PCR tehniki, večinoma za čiščenje in odstranjevanje neželenih produktov. Zaradi prilagoditve na mrzlo okolje imajo ti encimi višje katalitične konstante, ki skrajšajo čase inkubacije. Druga, še bolj pomembna posledica te prilagoditve, je popolna ireverzibilna denaturacija pri 65°C, kar jih naredi idealne za uporabo pri PCR [5].

Opisana biotehnološka mrzlica [1] se v velikosti težko meri z drugimi biotehnološkimi sektorji. Glede na velikost Tromsa in celotno prebivalstvo Norveške (skoraj 5 miljonov) pa njim skoraj lastna tržna niša le ni nepomembna. Kot sem že naštel, so nekatera odkritja že v prodaji in z gotovostjo lahko pričakujemo še kaj.

[1] Izraz o biotehnološki mrzlici na Arktiki je povzet na podlagi objave Hannah Hoag, 2009: The cold rush, Nature Biotechnology 27, 690 - 692.

[2] Erawatch pregled financiranja Mabcenta za obdobje 2007-2011 http://cordis.europa.eu/erawatch/index.cfm?fuseaction=prog.downloadCountryReport&countryCode=NO&full=1

[3] Seznam najsevernejših vasi in mest http://en.wikipedia.org/wiki/Northernmost_settlements

[4] stran MabCent http://www0.nfh.uit.no/mabcent

[5] Stran Biotec pharmacon ASA: http://www.biotec.no/ in Pronova Biopharma http://www.pronova.com/

Prispevek ni naložbeno priporočilo. V prispevek niso zajeti vsi dejavniki, ki so morda avtorju znani, temveč so opisani in prikazani le splošno kot zanimivost. Če opazite napako jo sporočite. Seznanite se s pogoji uporabe in omejitvami odgovornosti biobloga BioNovice.

Zlatá vredna mrzla mrzlica by Jaka Kragelj is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.

Človeški genom - kromosom 2

2010-04-09T11:06:00.001+02:00

09.04.2010, Borut Jerman

Človeški kromosom 2 uvrščamo med večje kromosome človeka (največji je kromosom 1). Sestavlja ga zaporedje 243,199,373 baznih parov in se kot ostalih 21 avtosomnih človeških kromosomov nahaja v 2 kopijah, od katerih eno kopijo podedujemo po materi in drugo po očetu. Na osnovi podatkov iz podatkovne baze Ensembl kodira potrjene zapise za 1,301 protein-kodirajočih genov, kar je skoraj enkrat manj kot kromosom 1. Na kromosomu 2 najdemo zapise 902 pseudogenov, 106 mikro RNA, 35 ribosomskih RNA, 124 malih jedrnih RNA, 98 malih nukleolarnih RNA. V sklopu variabilnosti najdemo na človeškem kromosomu 2 skupno 1,459,890 polimorfizmov posameznih nukleotidov (SNP), kar kaže na številčno podobno variabilnost kot pri kromosomu 1.

Slika: človeški kromosom 2, vir: Ensembl.org

V sklopu variabilnosti kromosoma 2 je do danes znanih 20 genskih mutacij (polimorfizmov posameznega nukleotida) v protein-kodirajočih genih in njihovih transkriptih, ki privedejo do prezgodnje terminacije translacije. Tovrstne mutacije rezultirajo v prezgodnji prekinitvi bralnega ovirja, kar vodi k sintezi delnega proteina, ki je lahko neaktiven ali nefunkcionalen. Tovrstne mutacije imenujemo nesmiselne mutacije (angl. non-sense mutation).

Človeški genom - kromosom 2 by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na http://www.ensembl.org/.

Farmakogenetika kot sodobno orodje v psihiatriji

2010-04-02T13:47:00.003+02:00

02.04.2010, Borut Jerman

Bralce bloga BioNovice želim povabiti k branju pravkar objavljene študije v American Journal of Psychiatry, pri kateri sem sodeloval kot so-avtor z naslovom: Genome-Wide Pharmacogenetics of Antidepressant Response in the GENDEP Project. Študija je bila opravljena v okviru mednarodnega evropskega projekta GENDEP.

Pričakovati je, da bo boljše poznavanje in razumevanje kompleksnih povezav med genomom človeka in duševnim zdravjem posameznika lahko vodilo k bolj učinkovitim načinom odkrivanja in zdravljenja duševnih motenj, z namenom izboljšanja kakovosti življenja obolelega.

Farmakogenetika kot sodobno orodje v psihiatriji by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na ajp.psychiatryonline.org.

18. dnevi Jožef Stefana

2010-03-22T12:54:00.000+01:00

22.03.2010
Na institutu "Jožef Stefan" v tem tednu potekajo 18. dnevi Jožefa Stefana. Program predavanj in ogledov si lahko ogledate na povezavi.

Pobude za prenovo slovenske znanosti

2010-03-11T13:03:00.001+01:00

11.03.2010, Borut Jerman
Na blogu Kvarkadabra: laboratorijski dnevniki so v prispevku Konkretne težave znanosti v Sloveniji? objavili pobudo za odpravo težav v slovenski znanosti in v ta namen odprli debato in vpisali nekaj pobud do katerih se lahko opredelite in dodate še svoje ideje.

Vir: blog Kvarkadabra: laboratorijski dnevniki

Nove uredbe glede gensko spremenjenih rastlin

2010-03-09T18:01:00.003+01:00

09.03.2010, Borut Jerman

Soobstoj gensko spremenjenih rastlin (GSR) bi lahko na slovenskih poljih pričakovali prvič v letu 2011. Na podlagi sprejete zakonodaje o soobstoju gensko spremenjenih rastlin (GSR) z ostalimi kmetijskimi rastlinami bo prvotno mogoča le pridelava gensko spremenjene koruze. V tem mesecu sta začelli veljati 2 uredbi, ki podrobno določata ukrepe za pridelavo gensko spremenjene koruze (Zea mays L.), najmanjšo širino varovalnega, zadrževalnega in pribežališčnega pasu, vrstenje in odstranjevanje samosevnih rastlin ter obdobje trajanja teh ukrepov in višino prispevka za pridelavo ter odškodnine za primer nenamerne prisotnosti gensko spremenjenih organizmov v gensko nespremenjenih rastlinah ali pridelkih.

Povezave:

Uredba o podrobnih ukrepih za pridelavo gensko spremenjene koruze

Uredba o določitvi prispevka za pridelavo gensko spremenjenih rastlin in odškodnin za nenamerno prisotnost gensko spremenjenih organizmov v gensko nespremenjenih rastlinah in pridelkih

Človeški genom - kromosom 1

2010-03-07T13:54:00.002+01:00

07.03.2010, Borut Jerman
Človek ima 46 kromosomov, od tega 22 parov avtosomnih kromosomov in dva spolna kromosoma X in Y. Pri ženskah je X kromosom v dveh kopijah, pri moških pa en X in en Y kromosom. Kromosomi so vidni pod mikroskopom le, če jih obarvamo med delitvijo celice. Takrat so kromatinska vlakna najbolj kondenzirana, dobro vežejo barvila in z opazovanjem pod mikroskopom vidimo človeški kariotip.

Opazovanje kariotipa človeka je omogočilo ugotoviti pravilno število kromosomov (46) in sledilo je njihovo poimenovanje (največjega so označili s številom 1 in najmanjšega s številom 22, spolna kromosoma pa z X in Y). Kmalu za tem se je pokazala tudi izjemna uporabnost predlegovanja kariotipa človeka saj so raziskovalci poročali o številčnih in strukturnih nepravilnostih povezanih s klinično opaženimi defekti, na katere so naleteli med preiskavami. Zato z metodami citogenetike še danes rutinsko opravljajo klinične genetske preiskave, ki omogočajo ugotavljanje številčnih in/ali strukturnih kromosomskih nepravilnosti.

Človeški kromosom 1 je največji med vsemi človeškimi kromosomi. Sestavlja ga zaporedje 249,250,621 baznih parov in se kot ostalih 21 avtosomnih človeških kromosomov nahaja v 2 kopijah, od katerih eno kopijo podedujemo po materi in drugo po očetu.

Na človeškem kromosomu 1 na osnovi podatkov iz podatkovne baze Ensembl najdemo potrjene zapise za 2,067 (v prejšni verziji 2,152) protein-kodirajočih genov, 1,094 pseudogenov, 123 mikro RNA, 52 ribosomskih RNA, 168 malih jedrnih RNA, 109 malih nukleolarnih RNA. V sklopu variabilnosti najdemo na človeškem kromosomu 1 kar 1,505,138 polimorfizmov posameznih nukleotidov (SNP), kar presega komercialne teste, s katerimi se pregleduje število SNP.

Človeški kromosom 1. Vir slike Ensembl.org

Človeški genom - kromosom 1 by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na www.ensembl.org.

Strategije biopodjetništva v Sloveniji

2010-03-05T17:12:00.002+01:00

05.03.2010, Borut Jerman

Okoljsko, finančno in gospodarsko krizo so podjetni Slovenci izkoristili za razvoj dejavnosti, ki smo jo spremljevalci biotehnološkega področja dolgo pogrešali - razvoj sektorja biotehnoloških podjetij v Sloveniji. A danes že imamo možnost proučevanja vplivov "mikro" sektorja biotehnologije, ali bolje rečeno grozda podjetij, ki se ukvarjajo z biotehnološko dejavnostjo na gospodarstvo, okolje in zdravstvene storitve v Sloveniji.

Število vseh ustanovljenih biotehnoloških podjetij v Sloveniji se giblje okoli števila 100, čeprav je delovanje mnogih podjetij še vedno vprašljivo, saj gre za dejavnost, ki je na globalnem trgu izjemno regulirana in nenazadnje še vedno zelo tvegana. Prav tako sistematična analiza pokaže, da vsa podjetja ne ustrezajo mednarodno sprejetim kriterijem biotehnološkega podjetja, kljub temu, da imajo registrirano biotehnološko dejavnost. Razlogi, da je temu tako, nam danes verjetno še niso znani.

Biotehnološka dejavnost je v Sloveniji potekala od osamosvojitve dalje in se še vedno uspešno izvaja v okviru javnih zavodov, inštitutov, univerz ter v farmacevtskih podjetij, ki v biotehnologijo morda največ vlagajo in imajo pomembno vlogo za Slovenijo.

Privatni sektor in javno-zasebno partnerstvo v biotehnoloških podjetjih predstavlja v Sloveniji nekakšno novost, saj pred npr. 5 leti je bilo področje biotehnološkega podjetništva slabo ali celo najslabše razvito, glede na ostale države članice Evropske unije (opomba: razlike med biotehnološkim in farmacevtskim podjetjem so številne).

V kolikor primerjamo biotehnološka podjetja iz ZDA ali zahodne Evrope s slovenskimi biotehnološkimi podjetji v zasebni lasti, lahko hitro ugotovimo pomembne razlike. Nobeno od slovenskih biotehnoloških podjetij ne išče virov kapitala preko izdaje delnic in kotacije na Ljubljanski borzi. Pri pridobivanju kapitala so v večini podprta s strani lastnih sredstev (družina in prijatelji), bančnih kreditov, sredstev pridobljenih na razpisih ali tekmovanjih, s strani poslovnih angelov ali skladov tveganega kapitala. Omenjeno nakazuje, da so za slovenski prostor značilna predvsem mikro, mala ali srednje velika biotehnološka podjetja. In zanimivo je tudi to, da mikro- in mala- podjetja uporabljajo strategije spin-off podjetništva, kar pokaže tudi analiza števila t.i. Biotech Entrepreneur-jev, ki jih je manj kot biotehnoloških podjetij.

Število biotehnoloških podjetij v 16 državah Evroobmočja v letih 2004-2007.

Podatki za Švico so iz leta 2004, za Nizozemsko, Norveško in Portugalsko iz leta 2005, za Nemčijo, Finsko, Češko in Polsko iz leta 2007, in za ostale iz leta 2006. V Sloveniji so bila v letu 2006 4 biotehnološka podjetja.

Vir podatkov: http://www.oecd.org/

V kolikor bodo vsa utanovljena mikro in mala biotehnološka podjetja resnično zaživela, transparentno poslovala in zagotavljala produkte ali storitve sladne z zakonodajo in direktivami lahko pričakujemo napredek tudi na področju okolju in zdravju prijaznih storitev in produktov.

Strategije biopodjetništva v Sloveniji by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.
Dodatna dovoljenja, ki jih ne obsega ta licenca, so dostopna na http://www.oecd.org/.

Človeški genom - pomemben izziv za bioindustrijo

2010-03-04T09:44:00.002+01:00

04.03.2010, Borut Jerman

Danes predstavlja biotehnološkim in farmacevtskim podjetjem velik izziv določevanje celotnih zaporedij genomov. Na tem mestu ne gre prezreti, da je največje zanimanje raziskovalcev usmerjeno prav v genome človeka (Homo sapiens), različnih vrst opic , miši (Mus musculus) in podgane (Rattus norvegicus). Predpostavlja se, da bo s primerjavami celotnih genomov moč izvedeti več o nastanku in pomenu mutacij in na ta način pomembno zmanjšati tveganja za nastanek obolenj posameznika ali v primeru obolenj prilagoditi individalno terapijo in zdravljenje.

Cilji, ki si jih pri preiskavah genomov tehnološka podjetja in proizvajalci instrumentov zastavljajo so predvsem usmerjeni k zmanjševanje potrebnega časa za izvedbo in analizo genoma, ob minimalnem številu napak, ki nastanejo pri določevanju baznih parov (1 napačen bazni par na 100000 določenih baznih parov, ali manj) ter, da pri tem nastane čim manj stroškov. Po določitvi celotnega zaporedja posameznega genoma pa je velika pozornost usmerjena v programska orodja in prosto dostopne podatkovne baze s katerimi lahko analiziramo in primerjamo posamezen genom. Slednje omogoča strokovnakom vse lažjo in bolj pravilno interpretacijo in analizo rezultatov.

Za biotehnološka podjetja je razvoj novih metod določevanja zaporedij genoma izjemno pomemben, saj predstavlja povsem nov segment biotehnologije, ki je v vzponu zadnjih 10 let, vse od t.i. dot com boom-a, ki je bil prisoten in viden na borzah v ZDA od 90' let dalje. Vendar pa imajo danes gotovo prednost biotehnološka in farmacevtska podjetja, ki se zavedajo morebitnih vplivov bioproduktov na posameznikov genom in te podatke o razumevanju in interpretaciji genomov vključujejo v raziskave in razvoj novih biotehnoloških produktov.

Človeški genom - pomemben izziv za bioindustrijo by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 2.5 Slovenija License.

Bioinformatika - uporabne povezave

2010-02-23T21:20:00.000+01:00

Na blogu BioNovice smo pod povezave dodali skupino Bioinformatika, kjer najdete številne povezave do uporabnih programskih orodij in podatkovnih baz.

Človeški genom - uvod

2010-02-23T19:45:00.007+01:00

23.02.2010, Borut Jerman

V letošnjem letu, morda bolje v prihajajočem desetletju, se bomo na blogu BioNovice sprehajali po človeškem genomu in predstavili zanimiva ter bolje raziskana področja človeškega genoma.

Sodobna bioznanost in biomedicina na področju raziskav človeškega genoma izjemno napreduje, zato je smiselno predstaviti novejša spoznanja na bolje proučenih delih človeškega genoma, kako bodo v prihodnje uporabljena kot orodje v sodobni medicini, kako informacijo o genomu razlagamo in razumemo danes. Seveda številne omejitve pri razlagi in razumevanju ostajajo (nenazadnje slovensko izrazoslovje le s težavo sledi), a naj ne bo razlog le "nepoznavanje" tako kompleksnega zaporedja, dolžine več miljar bazih parov.

Ko govorimo o človeškem genomu se boste morda strinjali, da gre za izjemno kompleksno genetsko informacijo. Prav to mi daje navdih, da jo pregledamo in na kratko pokomentiramo. Vas, ki spremljate BioNovice pa vabimo, da nas na zanimivosti, ki jih ne bomo uspeli opaziti ali omeniti, kar v vašem komentarju opozorite. S tem boste tudi vi pripomogli k brez dvoma zanimivi diskusiji o nadvse pomembni temi.

V številnih študijah, ki jih objavijo ugledne svetovne revije mnogokrat raziskovalci ne morejo predstaviti prav vseh zanimivosti ali novosti, in se osredotočajo na tiste najbolj prepoznavne lastnosti genov, ki dajejo nekako razumno razlago in jih je moč hitro opaziti, ponoviti, in so prvič odkrite. Na blogu BioNovice je prostor praktično neomejen, zato bomo po kar po vrsti z uporabo bioinformatike raziskovali predele človeškega genoma.

Vir slike: Ensembl.org

Osnovni podatki značilni za človeški genom

Človeški genom sestavlja 22 parov avtosomnih kromosomov (1-22), ki so enaki pri moških in ženskah in dva spolna kromosoma X in Y, ki so odgovorni za spol. Ženske imajo dva X kromosoma, moški pa en X in en Y kromosom. Poleg avtosomnih in spolnih kromosomov se pri človeku nahaja še mitohondrijski genom, ki je sestavljen iz krožne molekule DNK.

Človeški genom sestavlja urejeno zaporedje 3,272,480,989 baznih parov, kjer najdemo zapis za 23,438 protein-kodirajočih zaporedij in za 183 protein-kodirajočih zaporedij, ki izkazujejo edinstvenost, katere ne najdemo pri nobeni drugi vrsti. V človeškem genomu je poleg protein-kodirajočih zaporedij 12,346 pseudogenov in 6,407 RNK genov.

Rezultati določevanja zaporedja človeškega genoma dajejo slutiti, da je variabilnost večja, kot se je to predpostavljalo. Na osnovi podatkov iz baze Ensembl lahko ugotovimo, da je do danes odkritih najmanj 17,999,182 polimorfizmov posameznih nukleotidov (SNP). Poleg SNP pa v genomih najdemo na mnogih področjih delecije, duplikacije, inverzije in substitucije v zaporedju DNK. Pomembne razlike pa so tudi na epigenetski ravni (o tem več v prihodnje).

Človeški genom - uvod by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 3.0 Nedoločena License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na http://www.ensembl.org/.

Bioinformatika kot metoda za analizo biotehnoloških podjetij

2010-02-12T16:20:00.074+01:00

12.02.2010, Borut Jerman

Bioinformatika je novejša znanstvena disciplina, ki se intenzivno razvija zaradi vse večjih potreb pri raziskovalnem delu in razvoju na področju biologije, biotehnologije, medicine, in danes predstavlja nepogrešljivo orodje v biologiji.
V prispevku predpostavljamo, da z uporabo osnovnih orodj bioinformatike, ki ob hkratni uporabi informacijskih tehnologij (bralnikov v realnem času na osnovi AJAX tehnologij) in finančne fundamentalne in tehnične analize, le-ta ponujajo mnoge uporabne vidike tudi pri proučevanju in vrednotenju biotehnoloških podjetij ali biotehnološkega sektorja kot celote.

Uporaba bioinformatike
Primarna uporabnost orodij bioinformatike je v podpori poglobljenim eksperimentalnim študijam, ko proučujemo organizme in nudi sistematičen pristop pri razumevanju vloge in funkcije biomolukul v posameznih celicah, kot tudi v živih bitjih.Vendar uporaba bioinformatike pokaže tudi mnogo več. Kot že zapisano, presenetljivo a hkrati zelo zanimivo je spoznanje, da uporaba bioinformatike omogoča tudi proučevanje določenih segmentov v sektorju biotehnologije.

Bioinformatika kot pomožno orodje pri ocenah tveganj investicij
Bioinformatika brez uporabe finančnih analiz, seveda ne omogoča vrednotenja biotehnoloških podjetij, vendar v kombinaciji s finančno analizo pokaže uporabno vrednost predvsem ko želimo izdelati fundamentalno sliko podjetja in njegovo vlogo na danem področju biotehnologije. Pomembnost in vpetost posameznega produkta, katerega biotehnološko podjetje razvija za globalni trg lahko podrobno analiziramo "in silico" z uporabo metod bioinformatike. Na ta način lažje izdelamo oceno prednosti in šibkosti (SWOT) produkta v razvoju (ob predpostavki, da predstavlja biološki produkt osnovno področje delovanja start-up ali spin-off podjetja).

Osnova nekaterih biotehnoloških podjetij - bioprodukti
Biomolekule so lahko posebej zanimive, predvsem v začetnih fazah po njihovem odkritju. Njihovo morebitna tehnološka ali medicinska uporabnost nemalokrat predstavlja povod in priložnost za ustanovitev biotehnološkega podjetja, ki se poda na izjemno zahtevno in tvegano pot (predvsem v ekonomskem smislu) biomedicinskih raziskav. Biomedicinske raziskave predstavljajo osnovo tako raziskovalnih inštitutov, univerz, kliničnih centrov kot tudi biotehnoloških podjetij, in uspešnost je predvsem odvisna od raziskovalnega tima, ki vodi raziskavo.

Ocena potrebnih investicij od odkritja bioprodukta do prodaje na globalni trg
Pot posamezne biomolekule od primarnih raziskav do uporabe za zdravljenje po zadnjih ocenah že lahko presega miljardo EUR investicij. Celotni proračun, ki ga Slovenija namenja za raziskave in razvoj nekako ne dosega teh vrednosti, zato ni presenetljivo, da Slovenije ali bolje rečeno slovenskih biotehnoloških podjetij v tem tehnološkem segmentu danes skorajda ni.

Kaj vse lahko določa začetno vrednost biotehnoloških podjetij
Portfelj biomolekul, patentov, blagovnih znamk, licenc in know how-a predstavlja običajno osnovo mikro in malih biotehnoloških podjetij, ki raziskujejo in razvijajo biomolekule za preprečevanje in/ali zdravljenje obolenj. Tovrstnih podjetij, ki uspešno delujejo je na svetovnem trgu več 1000 (morda bolje več 10000) in njihova pot je odvisna tudi od volje in pripravljenosti vlagateljev. Zato se investitorji poslužujejo različnih metod, ki jim lahko pomagajo pri ovrednotenju biotehnoloških podjetij in s tem tveganj investicije.

Kako do "in silico" analize

Uporaba programskih orodij pri raziskovanju "in silico" učinkov biomolekul v biologiji nam daje vse bolj laboratorijsko preverljive napovedi, kako bi lahko nova biomolekula delovala. O tem pričajo nekatere raziskave, ki so s pomočjo predhodne "in silico" analize privedle do novih spoznanj. Učinke in mehanizme delovanja je nadalje vedno potrebno tudi laboratorijsko preveriti, ali predpostavke držijo. "In silico" eksperiment pa lahko pred pričetkom laboratorijskih raziskav, ki so finančno zahtevne, pomembno pripomore k zmanjšanju stroškov razvoja za podjetje, ki raziskuje učinke biomolekul. Hkrati pa lahko nudi bogat vpogled v sekundarni potencial, ki ga biomolekula morda ima in je morda zanimiv v smislu dolgoročnih perspektiv biotehnološkega podjetja. Izobraževalne vsebine o bioinformatiki in povezave do uporabnih orodij najdemo na povezavi.

Zaključek
Študij bioinformatike in prosto dostopnih orodij bioinformatike in sistemske biologije je pri vsakdanjem raziskovalnem delu na področju bioznanosti nepogrešljivo. Tako danes lahko beremo obogatene (elektronske) znanstvene objave, katerim so priložene 3D strukture molekul, zaporedja, mutacije in to interaktivno... Orodja bioinformatike v kombinaciji s preglednimi in izvirnimi znanstvenimi objavami omogočajo poglobljeno razumevanje bioloških in biotehnoloških procesov. A kljub vsemu, se je potrebno zavedati, da najperspektivnejše (bio)molekule običajno sploh niso v domeni odprtega dostopa.

Bioinformatika kot metoda za analizo biotehnoloških podjetij by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.

Novi virus gripe - diskusija na temo preventivnih ukrepov

2010-01-14T16:19:00.006+01:00

14.01.2010, Borut Jerman

Pridružujem se stališču, da je svetovna zdravstvena organizacija (WHO) dobro in ustrezno opozarjala na potencialno nevarno in hitro širjenje virusa influenza A H1N1, ki so ga odkrili marca 2009 v Mehiki. Na osnovi poročil zdravstvenih institucij je bilo mogoče, da smo vsi z uporabo informacijskih tehnologij preko spleta spremljali praktično v realnem času potek pandemije in bili seznanjeni o razsežnostih in nevarnostih gripe, kar je bilo za mnoge nov način spremljanja širjenja virusnih obolenj, ki ogrožajo naše zdravje v zimskem in spomladanjem obdobju. O pandemiji gripe so vsakodnevno poročali tudi mediji.

O številu testiranj, pozitivnih okužb in številu smrti je poročal Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije, kar smo lahko grafično spremljali na blogu Pandemija, avtor Robert Anon. Žal so ravno zdravstvene službe kasneje prenehale z testiranjem na okužbo, kar nam danes onemogoča, da bi lahko imeli dovolj natanče podatke, kdaj in zakaj se je število okuženih začelo umirjati in zmanjševati. V kolikor tovrstni podatki niso bili pridobljeni in jih nimamo, ne bo mogoče z gotovostjo potrditi ali ovreči, koliko je k zmanjšanju števila novo okuženih doprinesel učinek cepljenja skupine z višjim tveganjem in prebivalstva.

Preventivni ukrepi

Zdravstvene organizacije so še dodatno na različne načine ljudi informirale, kako se lahko preventivno zaščitijo, da zmanjšajo tveganje za okužbo z virusom gripe. Skrb za prebivalstvo za primer najbolj črnoglede situacije so prevzele državne institucije, ki so začele izvajanje preventivnih ukrepov (predvsem v bolnišnicah), poročali so o številu okuženih in ne nazadnje, začela so se pogajanja z proizvajalci cepiv in zdravil.

(O vplivu pandemičnega izbruha virusa gripe na tržno vrednost proizvajalcev cepiv si lahko več preberete na povezavi prispevka, ki smo ga objavili v BioNovicah).

Negativni učinki preventivnih opozoril

Celotno informiranje in vsakodnevna opozorila skupaj so za marsikoga predstavljala stresno situacijo, morda celo večjo, kot če bi dejansko zbolel za novim virusom gripe, ki se je do danes na srečo vseh nas izkazal kot manj nevaren. Kljub vsemu je bila prva faza pandemije blaga, glede na podatke, ki so na voljo o preteklih podobnih izbruhih.

Diskusije, ko se pandemija umirja

Danes mnogi gledajo zgodbo o pandemiji novega virusa gripe nekoliko drugače. Trenutno zatišje pred novim porastom števila okuženih ali pred postpandemsko fazo dopuščajo tudi drugačen pogled na to, ali so zdravstvene institucije v svetu in Sloveniji opravile delo dobro ali ne, kakšne napake so bile pri tem storjene in kje, ter kdo jih je zagrešil. Morebitne nepravilnosti bodo raziskale pristojne službe. Trenutno se v Sloveniji ugotavlja vsebine tajne pogodbe med Ministrstvom za zdravje in farmacevtsko družbo GlaxoSmithKline, ni pa še znano, kje naj bi pravzaprav prišlo do napake.

Včerajšni prispevek v Odmevih, RTVSLO1(začetek prispeveka je 2 min 59 sek) je izpostavil nekatere zanimive vidike o pandemiji gripe in z tem povezanih ukrepih, ki so bili izvedeni.

Komentar

Mnogi so prepričani o teoriji zarote. Drugi o zmagi nad virusom gripe. A gotovo smo se ob tokratni pandemiji nekaj naučili. V kolikor bi uspeli tovrstna znanja in spoznanja preventivnih ukrepov učinkovito prenesti na celotno družbo, bomo morda uspeli tudi v boju zoper mikrobnim agensom, katerim sodobna medicina še ne kljubuje dovolj uspešno.

Na poti v družbo bioznanja

2010-01-04T15:41:00.000+01:00

04.01.2010, Borut Jerman

Spoštovani bralci biobloga BioNovice.

Morda se boste strinjali, da slovenska strokovna blogosfera pomembno doprinaša s prispevki k razumevanju aktualnih dogajanj na področju naravoslovja in medicine. K temu si prizadevamo tudi v okviru biobloga BioNovice, ki je v letu 2009 objavil skupno 74 prispevkov s področij bioznanosti in bioindustrije. Vsebine so lahko poučne za mnoge, posebej ob hkratnem spremljanju tudi drugih slovenskih blogov, ki zajemajo teme s področij naravoslovja in medicine: Mikrobiolog, Nove biologije, Medicinski blog, Pandemija, Kavarna ob robu vesolja, Medicinci.com, Iatrogeni, blog Gregorja Gorjanca, Hajtehlouteh. S kratkimi prispevki objavljenimi na bioblogu BioNovice poskušamo obogatiti slovenski spletni prostor z vsebinami, ki na bolj poljuden način predstavljajo novosti s področja biomedicinskih raziskav, ki so žal nemalokrat predstavljene "strokovno nepravilno" s strani slovenskih medijev. To jim sicer ne gre prav nič zameriti, saj je napredkom znanosti težko v podrobnostih slediti in jih razumeti, kot so predstavljeni. Vendar mi verjamemo, da jim lahko. Da bomo pri tem še boljši, načrtujemo letos predstaviti novo stran, ki bo bralcem poleg originalnih poljudnih avtorskih vsebin omogočala spremljanje bioznanosti in bioindustrije na globalni ravni od najuglednejših svetovnih založb in medijskih hiš.

Vsem bralkam in bralcem se za obisk bloga zahvaljujemo in želimo srečno, zdravo in uspešno leto 2010!

Na poti v družbo bioznanja - BioNovice, kjer se srečata bioznanost in bioindustrija.

Dan boja proti AIDSu

2009-12-01T12:03:00.006+01:00

01.12.2009, Borut Jerman
1. december je svetovni dan boja proti AIDSu, bolezni, ki se razvije kot posledica okužbe z virusom HIV.

Virus HIV (virus humane imunske pomanjkljivosti) uvrščamo v družino retrovirusov, katerega genom sestavlja linearna enoverižna molekula RNK (virus HIV1 in HIV2, vir: NCBI), velik približno 10.000 baznih parov. Genom ima zapis za vsega 9 proteinov, ki virusu pomagajo pri učinkovitem prenosu med gostitelji, vstop v celice imunskega odziva, pomnoževanje, integracijo v gostiteljski genom in ponovno sestavljanje virusa.

Danes je na voljo več protivirusnih zdravil, ki smrtnosno bolezen upočasnijo, ne preprečijo pa nadaljnega širjenja. Po podatkih spletne strani Clinical Trials.gov lahko ugotovimo, da je v ZDA v teku preko 1000 klinični študij, ki se osredotočajo na zdravljenje obolelih z virusom HIV. Od samega odkritja virusa je minilo že 28 let, kljub temu pa so na voljo le preventivne metode zaščite, kot je varnejša spolnost s predhodnim testiranjem obeh partnerjev in uporabo kondoma, ni pa učinkovitega cepiva, ki bi ščitil pred okužbo in tako pomagal omejiti pandemijo.

Podrobnosti glede prihodnjih storitev podjetja deCODE Genetics

2009-11-17T14:34:00.008+01:00

17.11.2009, Borut Jerman

Podjetje deCODE Genetics, ki je danes prostovoljno vložilo predlog za stečaj, v sporočilu objavljenem na blogu deCODE You pojasnjuje podrobnosti, ki se nanašajo na nadaljevanje storitev in poslovanja. Preberete si jih lahko tudi v prispevku objavljenem na blogu Genetic Future, kjer najdete številne zanimive prispevke.

Storitve genetskih preiskav za posameznike (DTC genomics) se kot posledica tovrstnih dogodkov lahko v prihodnje podražijo, predvsem, če bo na trgu manj podjetij, ki bi tovrstne preiskave nudilo. Podražitev storitev bo izvedlo podjetje 23andMe, Inc., ki namerava zvišati ceno preiskave celotnega genoma za skoraj 20 %.

Finančne težave prevelike za podjetje deCODE Genetics

2009-11-17T11:27:00.004+01:00

17.11.2009, Borut Jerman

Podjetje deCODE Genetics, je danes zaradi težav, ki so povezane predvsem s finančno krizo, prostovoljno prijavilo postopek za stečaj podjetja. V finančnih težavah se je v zadnjem letu znašel celoten sektor podjetij, ki opravljajo genetske preiskave za posameznika. K temu so gotovo pripomogli izjemni pritiski na zniževanje cen storitev (pod 200 USD) ter izjemno hiter razvoj novih genomskih tehnologij, ki omogočajo preiskave človeškega genoma. Dostopnost genomske tehnologije in zanimanje potencilnih uporabnikov je dalo zeleno luč in poslovne priložnosti za številna novoustanovljena podjetija, ki so se na trgu pojavila in pričela s osnovno ponudbo genetskih preiskav za posameznika (angl. DTC-genomics companies). Število podjetij se je vse od leta 2007 hitro povečevalo. V Sloveniji so od leta 2007 do danes bila na novo ustanovljena najmanj tri podjetja, ki nudijo omenjene storitve.

O tem, kaj bo s pridobljenimi genetskimi informacijami posameznika, če gre podjetje, ki opravlja genetske preiskave v stečaj, so v številnih objavah razpravljali na blogih Genetic Future in Genomics Law Report, kjer so tovrstni razplet nekako pričakovali. Problemi se nanašajo predvsem na pomanjkanje zakonodajne ureditve, saj gre za relativno novo storitev na trgu, ki se s tovrstnimi problemi sprečuje prvič.

Sorodni prispevki na temo: GENETSKE PREISKAVE

Finančne težave prevelike za podjetje deCODE Genetics by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno 2.5 Slovenija License.

Okrogla miza V.I.P. večera: od raziskav do komercializacije bioproizvoda

2009-11-10T01:16:00.003+01:00

10.11.2009, Borut Jerman

Inovacije s področja biomedicine vedno znova pozitivno presenečajo. Tokrat bo mogoče 12.11.2009 v okviru V.I.P. večera (Kiberpipa, Ljubljana), prisluhniti okrogli mizi, kjer bo predstavljena pot bioinovacije, od raziskav do komercializacije bioloških produktov. Gosta večera prof.dr. Nina Gunde Cimerman in dr. Branko Huč, direktor podjetja LENIS d.o.o., bosta predstavila izjemen projekt biotehnološkega start-up podjetja LENIS d.o.o. (vir: LUI). Projekt Lenis v okviru katerega poteka razvoj učinkovine za celjenje ran iz izločkov ličink muhe Lucilia sericata, je bil izbran za najboljši evropski VALOR projekt (vir: imamidejo, portal za inovativne)

Dolgoletne raziskave, ki so jih opravili na Biotehniški fakulteti, Univerze v Ljubljani pod vodstvom prof.dr. Nine Gunde-Cimerman so pokazale, da sterilne ličinke muhe Lucilia sericata učinkovito celijo rane (vir: spletna stran: Biokirurgija). V diplomski nalogi Domna Jakliča z naslovom: Antibakterijsko delovanje izločkov ličink muhe Lucilia sericata Meigen (1826) (COBISS-id), je bilo pokazalo terapevtsko delovanje izločkov ličink in rezultati projekta Biokirurgija kronične rane – zdravljenje z ličinkami muh Lucilia sericata so nadalje pokazali učinkovitost zdravljenja, kar je nakazovalo na uporabnost metode in izjemno priložnost za razvoj tržno zanimive učinkovine. Vir slike: ličinke muhe Lucilia sericata

Zanimive povezave:
Strokovni prispevek objavljen v zdravniškem vestniku z naslovom Uvedba zdravljenja kroničnih ran z ličinkami muh Lucilia sericata v Slovenijo.

Zanimiv prispevek na temo zdravljenja ran z ličinkami najdemo tudi na povezavi (vir:BBC).

BioNovičke

2009-11-05T16:01:00.001+01:00

05.11.2009
Na bioblogu BioNovice smo se odločili rubriko: BioNovičke
Kaj vse bomo objavljali pod to rubriko je danes še uganka, imamo pa željo opozoriti na zanimive dogodke in vire finančnih sredstev za raziskave. Smo kaj pomembnega izpustili, kakšno pomembno priložnost, katere razpis se konča še letos. Skoraj zagotovo. Zato vas prosimo, da BioNovičke objavite kot komentar ali nam sporočite na naslov.

Danes se izteče rok za prijavo na razpis "Za ženske v znanosti", več informacij najdete na povezavi. Vir: Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS).

Za študij v tujini je potrebna predpriprava. Prilagamo povezave razpisov štipendij in zanimivih priložnosti za delo v tujini.

Evropska federacija mikrobioloških društev (Federation of European Microbiological Societies, FEMS) razpisuje štipendije za mlajše raziskovalce, ki raziskujejo na področju mikrobiologije, rok za prijavo je do 1. decembra 2009. Več na povezavi.

European Molecular Biology Organisation (EMBO) razpisuje štipendije za raziskovalce s področja molekularne biologije, več na povezavi.

Razpise za doktorska dela s področja molekularne biologije v okviru Univerze v Cambridgu najdete na povezavi. V okviru tega bi opozorili na izjemno priložnost, ki bo prihodnje leto, v laboratoriju uglednega slovenskega raziskovalca dr. Jerneja Uleta. Več najdete na povezavi.

Preventivni ukrepi, ki jih lahko izvedemo, da zmanjšamo možnosti za okužbo in širjenje virusa gripe (2)

2009-11-04T12:01:00.002+01:00

Preventivni ukrepi, ki jih lahko izvedemo, da zmanjšamo možnosti za okužbo in širjenje virusa gripe so sledeči:

1. Preprečimo stik z okuženim (izogibajmo se neposrednim kontaktom z okuženo osebo).

2. Ostanimo doma, če imamo blage simptome (zdravnika lahko najprej kontaktiramo preko telefona). S tem preprečimo, da bi okužili druge osebe.

3. Pokrijmo si nos in usta, da preprečimo širjenje virusa s čihanjem in kašlanjem.

4. Pogosteje si temeljito umivajmo roke, s tem preprečimo prenos virusa na druge osebe in na površine (npr. kljuke vrat).

5. Ne dotikajmo se po očeh, ustih in nosu. S tem preprečimo, da bi virus prenesli na roke in ga preko kontakta prenesli na druge osebe ali površine, katerih se dotikamo.

6. Skrbimo za dobro počutje (več se gibajmo, zmanjšajmo stres, več pijmo in uživajmo hrano, ki je hranilno bogata, vsebuje vitamine in minerale).

7. Uporaba zaščitne maske
Povzeli smo po strani Ameriškega centra za nalezljive bolezni (CDC).
Prispevek je objavljen drugič v bioblogu BioNovice.

Dogodki v biotehnološkem sektorju: Genomika

2009-11-03T21:54:00.017+01:00

03.11.2009, Borut Jerman

Genomika postaja vse močnejše orodje v biomedicini, predvsem za proučevanje človeškega genoma. Splošno stališče predpostavlja, da bo to pomembno področje doprineslo k napredku medicinskih raziskav in medicinske oskrbe. Danes, skoraj 10 let kasneje, ko je Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) zaprosila nadzorni komite za zdravstvene raziskave (Advisory Committee on Health Research, ACHR) za pripravo poročila o vplivu genomike na globalno zdravje (Genomics and World Health), lahko spremljamo in proučujemo napredke na področju človeškega genoma skoraj vsak dan.
(Animacija strukture DNK,vir animacije:Wikipedia)
Genomske preiskave v medicini so se izkazale kot izjemno pomembno orodje tudi v primeru letošnje pandemije gripe in nasploh pri analizah virusnih genomov in pri preiskavah vpliva zdravil (farmakogenetika, farmakogenomika). V biomedicinskih znanstvenih študijah pa predstavljajo pomemben del raziskav. V Sloveniji znanstveno raziskovanje sodeč po kakovosti objav povsem sledi svetovnim trendom, kar 5 podjetij s sedežem v Sloveniji pa je v genetskih preiskavah videlo poslovne priložnosti, kar je spodbudilo ustanovitev podjetij, ki izvajajo preiskave za posameznike. Ker je področje še vedno različno regulirano v posameznih državah smo priča številnim zanimivim razpravam. V evropskem prostoru lahko kmalu pričakujemo prizadevanja za poenotenje meril kakovosti. V BioNovicah smo v prispevkih zapisali številne zanimivosti in probleme na omenjeno temo, kar najdete na povezavi:

genetske preiskave

Dinamični graf podjetja Agilent Technologies (vir grafa: FinViz.com)

Rezultati tretjega četrtletja genomskih podjetij, ki kotirajo na borzah

Rezultati za tretje četrtletje letos so se za mnoga biotehnološka podjetja, ki razvijajo tehnologije za preiskave genomov , izkazali za nekoliko slabše kot se je pred objavami rezultatov pričakovalo (več v viru: GenomeWeb).

V post-genomski dobi kljub izjemnim napredkom tehnologije določevanja zaporedja nukleinskih kislin (angl. sequencing DNA, RNA) trenutno obdobje ni najboljše, kar se kaže skozi objavljene rezultate (tudi kot posledica globalne krize). Na slednje vpliva stanje globalnega trga in izjemen pritisk k znižanju cen storitev. To pa je olajšalo vstop gospodarskih družb, ki omogočajo genetske preiskave tudi posameznikom.

Zanimive premike vrednosti delnic podjetij, ki proizvajajo orodja za genomske preiskave lahko opazujete na prikazanih dinamičnih grafih (vir grafov: FinViz.com)

Proučevanje genomov je izjemno pomembno. Specializirani ponudniki dnevnih informacij (GenomeWeb, BioSpace.com, GEN in drugi) in spletni blogi, kot so BioHealth Investor blog, dnevno poročajo o zanimivih dogodkih in napredkih podjetij in o vplivih na njihovo vrednost.

Bolj celovito sliko genomskega sektorja lahko razberemo iz povprečne spremembe (oktobrske) vrednosti Genome Web Daily News indexa, ki sestavlja 34 delnic. Največ so izgubile vrednost delnice podjetja Affymetrix Inc. (graf AFFX), ki pa so pred tem močno pridobivale na vrednosti vse od marca 2009 dalje (več v viru: GenomeWeb).

Z razvojem biotehnološke dejavnosti v Sloveniji se ponuja zanimiva priložnost tudi pri nas, da tovrstno dejavnost spremljamo bolj podrobno.

Preberite tudi prispevek: Slovenija - imamo dovolj ugodno klimo za biotech start-upe in spin-offe?

Dogodki v biotehnološkem sektorju: Genomika by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva 2.5 Slovenija License.

Medicinski blog

2009-11-03T13:53:00.005+01:00

Slovenska strokovna blogosfera je bogatejša za Medicinski blog, katerega najdete v rubriki Biospletišča. BioNovice v rubriki Biospletišča spremljajo že več 30 blogov.

Cepljenje proti pandemičnemu virusu gripe

2009-10-30T16:00:00.007+01:00

30.10.2009, Borut Jerman

Nemalo kdo se te dni sprašuje, ali se cepiti proti pandemičnemu virusu gripe in proti seznonski gripi, ali pa cepljenje raje izpustiti oz. počakati toliko, da bo na voljo več informacij o cepivu.

Namen cepljenja proti pandemični gripi je preprečiti pandemijo novega virusa gripe influenza A H1/N1, ki se je izjemno hitro razširil praktično po vse celinah.

Opozorila svetovne zdravstvene organizacije (WHO) od aprila 2009 dalje so narekovala, da so pristojni za nadzor bolezni odločali o nakupu cepiva, ki naj bi učinkovito zaščitil posameznika pred okužbo z novim, pandemičnim virusom gripe influenza A H1/N1.

Za razvoj cepiv se je takoj ko so bili izolirani sevi virusa na voljo odločilo več svetovno uglednih farmacevtskih družb, katerih cepiva so danes trgu.

Cepljenje proti gripi je prostovoljno in ni brez tveganj (stranskih učinkov) za posameznika. Prav prostovoljnost cepljenja pa od vsakega posameznika dodatno zahteva, da se sam odloči ali se bo preventivno zaščitil ali ne.

Da bi pripomogli k boljši informiranosti bralcev biobloga BioNovice smo zbrali povezave, kar bo morda pripomoglo k boljši informiranosti, povezani s cepljenjem proti novemu pandemičnemu virusu gripe in proti sezonskim virusom gripe.

Povezave:

Spletna stran o pandemični gripi influenza A European Medicines Agency (EMEA)

Povezava do informacij o cepivu Pandemrix (EMEA) v vseh evropskih jezikih.

Cepiva proti gripi (Wikipedia)

Cepljenje (Wikipedia)
MIKROB(io)LOG, dobrodošel prispevek, ki je pomembno stopil v bran znanstveno podprtim ugotovitvam z naslovom: Še na temo vakcinacija.

Pojdi na vrh strani

Cepljenje proti sezonski gripi in proti pandemičnemu virusu gripe

2009-10-27T14:12:00.015+01:00

27.10.2009, Borut Jerman, popravek 28.10.2009

Po poročanju slovenskih medijev lahko novembra pričakujemo pričetek cepljenja proti pandemičnemu virusu gripe. V preteklih objavah, takoj po izbruhu virusa gripe, takrat imenovane prašičje gripe, smo že poročali (prispevke najdete na povezavi). Ker v času ko smo poročali še ni bilo na voljo cepiv, ki bi nas lahko zaščitila pred okužbo pandemičnega virusa gripe influenza A H1/N1, je bilo za vsakogar izjemno pomembno izvajanje preventivnih ukrepov v vsakdanjem življenju.

Preventivni ukrepi so lahko zadostni. Cepljenje, kot preventivni ukrep lahko nudi zadostno zaščito pred okužbo.

Sedaj prihajamo v fazo, ko lahko države izvajajo cepljenje proti pandemičnemu virusu gripe. Kot navajajo v medijskih sporočilih, bo cepljenje nudilo zaščito pred okužbo z novim pandemičnim virusom gripe, prav tako pa se lahko zaščitimo s cepljenjem proti sezonskim sevom gripe, za katerim pogosteje zbolimo v zimskem obdobju. Cepljenje je priporočljivo po navedbah strokovnjakov in prav cepljenje prebivalstva je v preteklosti omogočilo izkoreninjenje izjemno nevarnih in smrtonosnih virusnih infekcij (kot so npr. črne koze in mnoge druge).

Cepljenje bo potekalo v zdravstvenih domovih in zavodih za zdravstveno varstvo.

Seznanite se s pogoji uporabe in omejitvami odgovornosti vsebin biobloga BioNovice.

Cepljenje proti sezonski gripi in proti pandemičnemu virusu gripe by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva 2.5 Slovenija License.

Genetske preiskave - nove smernice

2009-10-22T19:59:00.001+02:00

22.10.2009, Borut Jerman

Kot je poročal GenomeWeb Daily News v prispevku objavljenem 09.10.2009 v ZDA pričakujejo še v tem letu novo poročilo (DTC Genomics Report), ki bo predstavilo nove smernice podjetjem, ki opravljajo genetske preiskave, katere lahko naroči posameznik (angl. Direct to Consumer Genetic Testing). Smernice, ki jih je zapisala angleška komisija za humano genetiko (Human Genetics Commission; UK-Governments advisory body) najdemo v poročilih Gene Direct objavljenem leta 2003 in More Genes Direct objavljenem leta 2007. Kljub omenjenim smernicam pa vse več študij opozarja na dokazane težave, ki so povezane z genetskimi preiskavami, če preiskave naročimo pri različnih ponudnikih. Kot pomembne razloge za to se omenja uporabo različnih metod za interpretacijo rezultatov. K oblikovanju smernic se je pridružila tudi skupina iz J. Craig VenterTM Instituta. Podali so mnenje in smernice (08.10.2009 v reviji Nature), na podlagi primerjave rezultatov genetskih preiskav, ki so jih opravili dve podjetji.

V prihodnje bo potrebno poenotili terminologijo in interpretacijo rezultatov, kar bo pripomoglo k boljši primerljivosti rezultatov med različnimi ponudniki, ki opravljajo storitev genetskih preiskav. To predstavlja trenutno največje težave, tako za potrošnika, ki prejme rezultate, kot za podjetja, ki storitev ponujajo na trgu.

Prav tako je potrebno nadaljevati z ozaveščanjem in izobraževanjem prebivalstva o genetskih preiskavah za posameznike. Izobraževalne razprave o genetskih preiskavah za posameznika intenzivno potekajo zadnjih 10 let, na slovenskih spletnih blogih (Nove biologije, Mikrobiolog, Kavarna ob robu vesolja in BioNovice) pa je mnogo objav na temo genetskih preiskav za posameznike zadnji dve leti, vse od ustanovitve podjetij, ki so genetske preiskave za posameznike ponudile slovenskim potrošnikom.

Genetske preiskave - nove smernice by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva 2.5 Slovenija License.

Vabilo na 20. mednarodno konferenco o biologiji podzemlja

2009-10-08T22:49:00.008+02:00

8.10.2009, A.M. (GOSTUJOČI PRISPEVEK)

Slovenija bo konec poletja 2010 gostila 20. mednarodno konferenco znanstvenikov, ki proučujejo življenje v podzemeljskih okoljih. Kraške jame in kraške podzemeljske vode, mreža razpok in špranj pod površjem, pa tudi podtalnica, vse to so posebni ekosistemi, polni življenja. Njihovi prebivalci so večinoma majhni in čudovito prilagojeni na skromne prostorske in prehranske razmere ter večno temo. So žive priče stalno potekajoče evolucije z naravnim izborom.

Biologija podzemlja ali speleobiologija, kadar gre le za jame, je kot veda vzniknila v Sloveniji. Leta 1831 je bil v Postojnski jami odkrit, leto kasneje že znanstveno opisan jamski hrošč drobnovratnik. Sledila so nadaljnja odkritja bogatega jamskega življa v Postojnski jami, ki veljajo za začetek te biološke discipline.

Danes je znano, da je Dinarski kras, v veliki meri prav slovenski del, svetovna vroča točka podzemeljske biodiverzitete. Podobno, kot občudujemo in varujemo tropske deževne gozdove in koralne grebene zaradi izjemne biotske pestrosti, si vso pozornost zasluži naše podzemeljsko živalstvo, ki je med najbogatejšimi na svetu.

Jubilejna, 20. mednarodna konferenca o biologiji podzemlja je velika priložnost za promocijo slovenske znanosti in slovenske narave. Na njej pričakujemo med 150 in 200 znanstvenikov iz vsega sveta, ki bodo poročali o najnovejših napredkih pri proučevanju in varstvu podzemeljskega življenja.

Prispevek je povzet po zloženki.

Vsi, ki vas biologija podzemlja zanima, vabljeni torej v Postojno od 29. avgusta do 3. septembra 2010.

Spletno stran z več informacijami si lahko ogledate na: http://www.icsb2010.net/

Prikaži večji zemljevid

Slovenija - imamo ugodno klimo za biotech start-upe in spin-offe?

2009-09-29T19:11:00.005+02:00

29.09.2009, Borut Jerman

Od nastanka spletnega biobloga BioNovice si prizadevamo podrobno slediti in spremljati razvoj biotehnološke dejavnosti v slovenskem prostoru. Pri dosedanjih objavah smo se osredotočili predvsem na tista podjetja, ki so se medijsko najbolj izpostavila in katerih storitve so postale dosegljive direktno potrošnikom. Kljub vsemu pa imamo vprašanja za v prihodnje, na katere bomo med drugim osredotočeni.

Ali imamo dovolj ugodno podjetniško klimo, da se razvije biotehnološka dejavnost v slovenskem prostoru do te mere, da bodo podjetja opazna in konkurenčna ne samo pri nas, temveč tudi v svetu?

Ali je dovolj ugodna klima za podjetja, ki se osredotočajo npr. na razvoj novih diagnostičnih testov in/ali bioloških zdravil, da bi razvila inovativne produkte do te mere, da bi bili nekoč edinstveni na trgu?

Tako za prvo kot drugo vprašanje je morda prekmalu, da bi lahko iskali odgovore. Morda bomo na to lahko čakali še vsaj 15 let. Vendar pa želimo v spisih opozarjati na uspehe in probleme, ki se dotikajo tovrstne dejavnosti v Sloveniji. V predhodnih objavah (Biotehnološka dejavnost v Sloveniji dobiva vse večji zagon, Možnosti financiranja biotehnoloških podjetij v začetni fazi in Biotehnologija - priložnost za Slovenijo?) smo ugotavljali, da se področje nedvomno razvija, da se na trgu pojavlja vse več novoustanovljenih podjetij (največ v okviru tehnoloških parkov in inkubatorjev), vendar z izjemo medijskega odziva še ni bilo mogoče opaziti pomembnih premikov na danem področju. Pri tem tudi izstopa dosedanja praksa, ki je statistično gledano povsem drugačna kot v ZDA ali Veliki britaniji, da podjetja ne vstopajo na ljubljansko borzo, kar bi jim nedvomno lahko pomagalo pri pridobivanju še kako pomembnih sredstev. Morda je za zagon dejavnosti bilo dovolj sredstev iz drugih virov (poslovni angeli, tvegan kapital, javni razpisi, prijatelji, družina, lastni prihranki itd..), vendar je z nizkim vstopnim kapitalom in brez lastne zaščitene tehnologije uspeh na dolgi rok zelo vprašljiv, saj je za biotehnološki sektor nedvomno značilna izjemna konkurenčnost, varovana tehnologija in stroga regulativa. Kako bo v prihodnje ni mogoče predvideti, zanimivo pa bi bilo, če bomo v prihodnje priča t.i. prvim biotehnološkim kotacijam vrednostnih papirjev (IPO) slovenskih podjetij. S tem bo razkritih tudi več informacij povezanih z biotehnološko dejavnostjo, kar bo omogočalo boljše spremljanje (ne)ugodnosti podjetniške klime v Sloveniji.

Slovenija - imamo ugodno klimo za biotech start-upe in spin-offe? by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Brez predelav 2.5 Slovenija License.
Ustvarjena na podlagi dela, dostopnega na bionovice.blogspot.com.

Genska zakonodaja - Ali regulatorji sledijo dogajanju na slovenskem trgu

2009-09-29T16:50:00.005+02:00

29.09.2009, Borut Jerman

Da Slovenija potrebuje zakon o genski diagnostiki (oziroma zakon o genetskih preiskavah ali genetskih analizah) danes zagotovo ni več dvoma. Razlogov za pripravo in sprejetje zakona o genski diagnostiki je veliko. Na trgu je vse več ponudnikov, tako podjetij kot zdravstvenih zavodov, ki genetske preiskave že opravljajo, kot tudi podjetij, ki so v t.i. inkubacijski fazi ali post-inkubacijski fazi in svojo ponudbo že predstavljajo na trgu. V prispevku bomo osvetlili določene pomembne dosežke bioznanosti in bioindustrije, ki dajejo podlago za trenutna dogajanja na trgih (tudi Slovenskem).

Čas post-genomske dobe

Genska diagnostika v humani medicini vse od objave "grobega" zapisa celotnega človeškega genoma dobiva nove razsežnosti. Raziskovalni dosežki se žal zelo počasi prenašajo v medicinsko prakso, vendar tovrstni prenos znanstvenih dosežkov se seli okvir sodobne medicine:
angleško translational medicine in personalized medicine.

Od začetnih predpostavk o tem koliko časa naj bi potrebovali za določitev celotnega zaporedje človeške dednine oz. zaporedja baznih parov (ocene so bile, da bomo potrebovali ~ 300 let) lahko danes govorimo o tem, da za določitev celotnega človeškega genoma potrebujemo (vse od izolacije DNA do grobih rezultatov zaporedja) le nekaj dni. Sicer malo verjetno, vendar četudi bi v prihodnosti genetske preiskave zajemale celotni genom, bi vključno z interpretacijo rezultatov in svetovanjem bile preiskave lahko opravljene v enem ali dveh dneh in morda za ceno, ki bi bila sprejemljiva in krita v okviru osnovnega ali dopolnilnega zdravstvenega zavarovanja. Zanimivo pri tem je to, da so za časovne omejitve danes glavni razlogi premalo zmogljivi računalniški procesorji in omejitve pri obdelavi in interpretaciji dobljenih informacij, ne pa genska tehnologija - več o tem tudi v prispevku Genetske preiskave - kako izbrati ponudnika preiskav.

Klinične genetske preiskave

Klinične genetske preiskave se opravljajo na napotnico, ki jo predpiše osebni zdravnik ali ginekolog in so krite iz zdravstvenega zavarovanja. Za opravljanje kliničnih genetskih preiskav morajo biti izpolnjeni razlogi (več o razlogih za pregled in genetsko svetovanje si lahko preberete na spletnih strane Inštituta za medicinsko genetiko UKC Ljubljana), zato klinične molekularno genetske preiskave ne preiskujejo celotnega zaporedja DNA, temveč preiskujejo dele genoma, za katere je bilo pokazano, da genotip odraža fenotip, kar zdravniku omogoča boljše definiranje pacientove klinične slike. V okviru klinične genetike so preiskave osnovane na konzervativnem pristopu, ki ob danih zmožnostih tehnologije morda celo prepočasi sledi. Prav tako je v Sloveniji prenos znanstvenih spoznanja v klinično prakso izjemno počasen, kar je drugače kot v državah, ki imajo nekoliko manj konzervativen oz. bolj odprt pristop, prav tako pa je hitrost razvoja odvisna od količine vloženih sredstev. Slovenska podjetja, katerih kapital je zaseben, bi pri premagovanju tovrstnih ovir lahko zelo veliko doprinesla, vendar je pri tem nujno, da pri svojem delovanju spoštujejo vse zahtevane standarde, nudijo kakovostne storitve in transparentno delovanje in na drugi strani, da se jim omogoči tudi povezovanje in sodelovanje z javno zdravstveno mrežo. Danes ni jasno ali je temu res tako.

Genetsko svetovanje in svetovalci
Genetsko svetovanje se opravlja v okviru genetskih preiskav in je po zakonu obvezno. Pričakuje se, da bo tudi na tem področju potrebnen določen napredek, v kolikor se bo želelo zdravstvene storitve nadgraditi s sodobnimi molekularnimi genetskimi preiskavami. Vendar bo na tem področju pred tem potrebno poenotiti pravila z evropskimi, tako v javnih kot zasebnih institucijah.

Nujno je zagotavljati genetske storitve, ki so kakovostne in transparentne.

Določevanje sorodstvenih odnosov z gensko tehnologijo

Določevanje sorodstvenih odnosov v Sloveniji opravljajo genetski laboratoriji, katerih preiskave načeloma predlagajo oz. zahtevajo na sodišču in služijo kot dokazni material pri reševanju družinskih sporov. Rezultati tovrstnih genetskih preiskav imajo izjemno težo, zato je pomembno, da vsi, ki opravljajo tovrstno dejavnost nudijo kakovostne in transparentne storitve. Novico, ki smo jo pred kratkim lahko zasledili v medijih o t.i. "novi" tehnologiji določevanja očetovstva z metodami DNK, katero opravlja novoustanovljeni zasebni zavod Inštitut za DNK analize je ponovno naletela na številne (upravičene) kritike (Nove biologije in Kavarna ob robu vesolja). Vsi, ki dejavnost genomskih tehnologij poznajo, vedo, da dejavnost zahteva določene kriterije za vstop na trg. Ker pa je slovenski trg na tem področju povsem nereguliran, ne preseneča, da določena podjetja vsem priporočenim smernicam ne bodo sledila. Če želimo, da se tovrstna dejavnost, ki prinaša veliko načinov za izboljšanje kakovosti življenja razvije v pravo smer in to v okviru slovenskih institucij in/ali podjetij, je potrebno posredovati najmanj na nivoju ekspertne državne komisije, ki bo narekovala zahteve za zagotavljenje kakovosti tako na področju storitev kot kadrov. V primeru popolne ignorance pa se lahko zgodi nepopravljiva škoda tako za slovenske potrošnike kot tudi za podjetja, ki opravljajo tovrstno dejavnost v Sloveniji. Slovenija je resda majhen trg znotraj Evropske Unije, kar pomeni, da morda kot trg nismo enako zanimivi kot večje države, ki genetskim tehnologiji tudi mnogo bolj zaupajo, vendar to lahko ravno sedaj, ko so storitve že na trgu kaj hitro spremenimo.

Priporočamo branje vsebinsko podobnih prispevkov objavljenih v BioNovicah: Genetske preiskave - preveč ali premalo regulirane? in Genetsko svetovanje.

Predlagamo izhodišča za spletno diskusijo:

Kateri dejavniki po vašem mnenju lahko najbolj vplivajo na zaupanje potrošnikov glede genetskih preiskav?

Odgovore pošljite pod oznako: Genetske preiskave na uredništvo BioNovice

Genska zakonodaja - Ali regulatorji sledijo dogajanju na slovenskem trgu by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.

Strokovna srečanja, kongresi in konference

2009-09-17T16:48:00.000+02:00

17.09.2009

Strokovna srečanja in kongresi so družabni dogodki, ki med drugim nudijo raziskovalcem, da predstavijo svoje delo v obliki predavanja ali postra. Gre za dogodke, ki so še kako pomembni, saj so predstavljeni najnovejši dosežki strokovnjakov.

Konec tega tedna (20.09 - 23.09) bo na Otočcu potekalo srečanje Slovenskega biokemijskega društva, kongres Slovenskega genetskega društva in srečanje Slovenskega društva za humano genetiko z naslovom Skupni kongres SBD in SGD Otočec 2009, kar je gotovo letos najpomembnejši slovenski dogodek, katerega organizirajo omenjena društva v Sloveniji na temo aktualnih področij biokemije, molekularne biologije, genetike, genomike. Predstavljeni bodo najnovejši raziskovalni dosežki na omenjenih področjih v povezavi z zdravjem, biotehnologijo, kmetijstvom in okoljem. Kot obljubljajo organizatorji bo omogočen neposreden stik in izmenjava znanj med raziskovalci in gospodarstvom.

Oktobra (01.10 - 02.10) bo konferenca o prenosu tehnologije na Institutu "Jožef Stefan", in (19.10 - 21.10) konferenca SLONANO na Kemijskem inštitutu.

Genetske preiskave - kako izbrati ponudnika preiskav

2009-08-28T11:40:00.166+02:00

28.08.2009, Borut Jerman
Tekom zadnjih let se je v Sloveniji pričelo z aktivnim trženjem molekularno genetskih analiz. Za primerjavo, v ZDA so s tovrstno dejavnostjo (tržno usmerjeno) aktivno pričeli že leta 1990, novi val genetskih podjetij se je pojavil po letu 2000, ter tretji val leta 2007 - za slednjega so značilna predvsem podjetja, ki nudijo genomsko preiskavo direktno potrošnikom. Slednja so ponudila genetske preiskave v bolj poenostavljeni in preprosti luči, kar naj bi bilo primereno za vsakogar, ne glede na znanje genetike. S tem se je povečalo povpraševanje po genetikih, bioinformatikih, saj interpretacija preiskav genoma nikakor ni preprosta, prej nasprotno, kar pomeni, da jo lahko izvajajo le za to usposobljeni strokovnjaki. Preveč preprost način interpretacij rezultatov je sprožil precejšen niz kritik, aktivnosti politik in regulatorjev. Evropske države so v ta namen aktivno začele s pripravo in sprejemom zakonodaj za področje genetskih preiskav - Slovenija temu za enkrat še ne sledi.
Trenutno se ocenjuje, da je na svetovnem trgu precej več ponudnikov kot pa je globalno povpraševanje po opravljanju tovrstnih preiskav, kar bi lahko pripisali predvsem zadržanosti in nezaupanju potrošnikov. Ne glede na gospodasko krizo pa svetovna komercialna ponudba genetskih preiskav išče nove vire sredstev in tako kljub težavam izjemo hitro sledi znanstvenim študijam, kar je izjemno pozitivno.

Smernice in priporočila o preiskavah človeškega genoma dajejo zeleno luč (vir: Human Genetics Commision) tudi v smislu, da naj se genetske preiskave nudijo direktno radovednim naročnikom in ne le v okviru zdravstvenih preiskav. V Sloveniji opravljajo genetske preiskave zdravstveni zavodi in podjetja. Naj jih omenimo nekaj: Laboratorij za molekularno genetiko (Univerzitetni Klinični Center Ljubljana UKC Ljubljana), laboratorij za medicinsko genetiko (Univerzitetni klinični center Maribor UKC Maribor), podjetje Medgen d.o.o., ter podjetji Geneplanet d.o.o. in Genelitik d.o.o., ki sta bili ustanovljeni v letih 2007 (kot zanimivost, za poslovni ideji prejeli nagrade za inovativnost in podjetnost).
Slovenski ponudniki preiskav so v svojih ponudbah različni (dodatno preverite pri ponudnikih sami, saj se ponudba lahko kadarkoli spremeni ali dopolni). Ponudbe se tako nanašajo na zelo usmerjene preiskave, ki so v oporo ali osnova klinične preiskave, pa tudi na tiste bolj splošne, ali bolje rečeno takšne, ki nam ponujajo več informacij hkrati in niso osredotočene na preiskovanje samo ene in točno določene lastnosti. Ponudbe o določitvi celotnega zaporedja genoma od slovenskih ponudnikov še ni mogoče zaslediti, nam pa to morda lahko opravijo specializirani laboratoriji v tujini (kljub temu so do danes določili šele 5. genom človeka).
V primeru, ko se odločimo za genetske preiskave, ki so ali niso v okviru zdravstvenih preiskav, ker si želimo nove informacije o genomu brez posebnih razlogov, se je priporočljivo pozanimati pri ponudniku preiskave najmanj kako točni so dobljeni rezultati genetske preiskave in kako nam to zagotavljajo. Tako v svetu kot v Sloveniji vseskozi narašča število ponudnikov, med katerimi pa se dobljeni rezultati lahko razlikujejo (o tem pričajo številni zapisi posameznikov, ki so dali v preiskavo svoj genom npr. vsaj dvema različnima ponudnikoma). Ponovljivost in točnost rezultatov komercialnih ponudnikov je lahko vprašljiva. Razlogov za to je več, saj je preiskava odvisna od številnih dejavnikov, ki se nanašajo skoraj na vse faze od odvzema vzorca pa vse do ekspertne ekipe, ki ob podpori programskih orodij rezultate analizira in interpretira. Preiskava vsebuje kritične faze, ki lahko rezultirajo v napačnem rezultatu. Na neverjetno napačne rezultate je opozoril tudi Daniel MacArthur, avtor bloga Genetic Future v njegovem zadnjem prispevku. Da bi se v kar največji meri izognili napačnim rezultatom genetske preiskave se je smiselno odločiti za ponudnika, ki ima na voljo sprejemnico in usposobljeno osebje za odvzem vzorca za preiskave in ki kot del preiskave izvaja genetsko svetovanje pred in po preiskavi za preiskane lastnosti. Pri tem nam naj ne bo cena preiskave vodilo za odločanje, kdo vam bo opravil vpogled v vaš genom.

Genetske preiskave - kako izbrati ponudnika preiskav by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.

Priporočamo branje vsebinsko podobnih prispevkov objavljenih v BioNovicah:
Genetske preiskave - preveč ali premalo regulirane?
Genetska analiza že za 199 USD
Biotehnološka dejavnost v Sloveniji dobiva vse večji zagon
Kdo bo prejel nagrado Archon X PRIZE for genomics
Kako do DNK zaporedja brezplačno?
Referenčni genom
Dražba za določitev nukleotidnega zaporedja celotnega genoma
Genetsko svetovanje
Genomska podjetja
Identične mutacije in fenotipske variacije
Osebna genomika (2) - podjetja, ki nam nudijo vpogled v našo DNK
Človeški genom
Osebna genomika

Vpliv pandemičnega izbruha virusa gripe influenza A tip H1N1 na tržno vrednost podjetij, ki razvijajo cepiva

2009-08-25T11:08:00.012+02:00

25.08.2009, Borut Jerman
Od 18.03.2009, ko so mehiške zdravstvene službe sporočile, da so pri pacientih opazili gripi podobne simptome, se je širjenje virusa vseskozi stopnjevalo. Virus so najprej poimenovali Mehiška gripa, nato Novi virus gripe ter kasneje Pandemični virus influenza A tip H1N1. Preventivni ukrepi v smislu podrobnega informiranja so bili na voljo takoj, ko so identificirali povzročitelja in ugotovili primere okužb ter smrti okuženih. Informacije, kako izvajati preventivne ukrepe vsak dan najdemo na spletnih straneh zdravstvenih institucij, preko televizije, radija in vse bolj zanimivih spletnih socialnih omrežij. Podrobno sledenje številu obolelih nam omogoča hitra molekularna diagnostika, ki jo izvajajo temu namenjene zdravstvene institucije in pomembno prispeva, da so zdravniki in pacienti hitro seznanjeni ali so bolni zboleli zaradi okužbe z virusom gripe ali ne. Omogoča tudi še neokuženim, da se seznanijo, kakšno je stanje v okolju, kjer prebivajo in se zadržujejo. Hitro širjenje virusa je privedlo do razglasitve 6 faze pandemije gripe s strani Svetovne zdravstvene organizacije (WHO). Pri tem so se pojavila vprašanja ali je bilo to prezgodaj. Danes to ni več tema, kateri bi dajali posebno pozornost. Hitra pripravljenost in odzivnost zdravstvenih institucij se je izkazala za upravičeno, kar kažejo podatki, ki nakazujejo resnost situacije. Do danes so potrdili okužbo pri več kot 180000 pacientih in smrtnost skoraj 1 %. Resnost situacije je odgovornim za področje zdravstva dalje narekovala, da so se morali začeti pripravljati na letošnjo jesen, v ta namen so pričeli pripravljati programe za zagotovitev zalog zdravil in cepiv, saj obstajajo tveganja, da se pandemija na letošnjo jesen in zimo okrepi. Sledi nasljednja faza - cepljenje, ki ga bo potrebno izvesti tako, da se zaščiti najprej najbolj izpostavljene in najbolj občutljive ter v končni fazi vse - in to pravočasno. O dilemah in tveganjih v povezavi z cepivi najdete zanimiv zapis tudi na blogu Nove Biologije dr. Marka Dolinarja.

Kdo so kupci cepiva

Odgovorni za zdravstvo v državah predstvljajo ključne kupce zdravil in cepiv. Ob razvoju pandemij se povpraševanje po zdravilih in cepivih v kratkem času močno poveča. To proizvajalcem zdravil zmanjša zaloge, ki jih običajno imajo pripravljene, za proizvajalce cepiv pa lahko predstavlja celo problem, v kolikor ne bi mogli pripraviti željene količine cepiva, po kateri se s strani kupcev povprašuje. Cepivo proti gripi ni mogoče hraniti na zalogi, ker je cepivo običajno učinkovito le v primeru, če je izdelano proti povzročitelju. In v primeru virusa gripe je večkrat temu tako. Situacija je celo tako izjemna, da si je potrebno kupiti cepiva v naprej in to v tolikšni količini (na osnovi predpostavk), da bo zadostna, da se zaščiti celotno prebivalstvo. Ali celo v večji količini, da se prepreči panika in očitke, da zdravil in cepiv ni bilo dovolj. Namreč panika med prebivalstvom v primeru pandemij lahko le še poveča negativne učinke, ki so že tako prisotni kot posledica pandemije.

Kdo so proizvajalci cepiva

Kot že omenjeno je pandemija začela predstavljati vse večji izziv za proizvajalce cepiv. V ZDA sta konec aprila 2009 stopili v ospredje podjetji BioCryst Pharmaceuticals Inc., Novavax Inc. in podjetja, ki imajo dejavnost usmerjeno v razvoj cepiv proti gripi. Hitrost in razsežnost pandemije je začela predstavljala svojevrsten izziv za tovrstna podjetja, v smislu, katero podjetje bo prvo začelo z razvojem cepiva (pridobiti so morali izoliran Pandemični virus influenza A tip H1N1) in katera podjetja bodo pravočasno (brez (bio)tehnološki zapletov) razvila učinkovito cepivo, ki bo zaščitilo prebivalstvo in izzvalo čim manj stranskih učinkov. Postopki razvoja naj bi bili kratki in pridobivanje dovoljenj za promet s cepivom prav tako, saj je nenazadnje specifično cepivo zanimivo le v primeru ko še nismo zboleli za tem tipom gripe.

Statični graf cene delnice podjetja BioCryst Pharmaceuticals Inc. po dnevih (vir: FinViz)

Statični graf cene delnice podjetja Novavax Inc. po dnevih (vir: FinViz)

Vloga investitorjev

Med prvimi, ki so razumeli resnost in pomembnost situacije (fundamentalne dejavnike) so bili nedvomno tudi investitorji, ki spremljajo in vlagajo v tovrstno dejavnost. Spremembe tržne vrednosti podjetij (cene delnic) si lahko ogledamo na zgornjih grafih (vir grafov je http://www.finviz.com/). Vrednosti tržne cene so zanimive v primerjavi s številom potrjenih primerov zbolelih za virusom pandemičnega virusa gripe influenza A H1N1 po dnevih, vendar to gotovo ni edini vpliv na tržno vrednost. Prav tako je zanimiva časovnica dogodkov takoj po izbruhu pandemije, ki jo je objavil Guardian, na kar je opozoril Franc, avtor bloga MIKROB(io)LOG. Za podrobnejše razumevanje tržnih vrednosti podjetij pa se je gotovo priporočljivo podrobno seznaniti z letnimi, polletnimi in četrtletnimi poročili podjetij, poznati pričakovanja analitikov, napovedi ter končne rezultate, ki jih objavijo podjetja, spremljati tehnično analizo in sliko grafov in še mnogo več (zanimive opise o osnovah trgovanja najdete tudi na blogu Risk). Lahko pa upamo, da bodo vsa podjetja in institucije, ki so vključena v reševanje sedanje pandemije zaupanje upravičila ter tako zagotovila prijetno jesen, zimo...

Vpliv pandemičnega izbruha virusa gripe influenza A tip H1N1 na tržno vrednost podjetij, ki razvijajo cepiva by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva 2.5 Slovenija License.

Prispevek ni naložbeno priporočilo. V prispevek niso zajeti vsi dejavniki, ki so avtorju znani, temveč so opisani in prikazani le najosnovnejši in splošni dejavniki, ki morda so ali bi lahko vplivali na razvoj dogodkov v obdobju od aprila do avgusta 2009. Opisana situacija morda ni vplivala na vrednost cene delnic podjetij omenjenih v prispevku. V prispevku so zapisane le avtorjeve domneve. Če opazite napako jo sporočite. Seznanite se s pogoji uporabe in omejitvami odgovornosti biobloga BioNovice.

Déjà vu in plagiatorstvo

2009-08-06T11:50:00.004+02:00

06.08.2009, JB
Po objavi znanstvenih člankov se s pomočjo informacijskih tehnologij in programskih orodij vse lažje odkriva primere ko gre za plagiatorstvo. Da se raziskovalci na področju bioznanosti temu lahko izognejo so na voljo programska orodja, ki omogočajo preverjanje unikatnosti vsebine nastajajočega članka z objavljenimi članki. Eno tovrstnih orodij je eTBlast, ki išče po bazah podatkov podobnost besedil med objavami (wikipedia: eTBLAST). Trenutno je v povezavi s plagiatorstvom v ospredju objava, ki je pred mesecem dni zbudila precej pozornosti tudi v dnevnih medijih (časopis Dnevnik) z naslovom 'In Vitro Derivation of Human Sperm from Embryonic Stem Cells' objavljena v reviji Stem Cells and Development. Več o razlogih za zavrnitev objave pišejo tudi v novicah revije Nature.

Pandemic - pandemija blog

2009-08-01T16:34:00.006+02:00

01.08.2009, JB
Kot poroča IVZ-RS se število okuženih primerov s pandemičnim virusom gripe H1N1 skoraj vsak dan nekoliko poveča, do danes je bilo 131 potrjenih okužb. O pandemičnem virusu gripe lahko najdemo veliko zanimivih prispevkov in grafične analize tudi na blogu z imenom Pandemic - pandemija; novice o pandemiji, katerega piše Robert Anon.

Genetske preiskave - preveč ali premalo regulirane?

2009-07-17T10:32:00.019+02:00

17.07.2009, Borut Jerman

Vse od razglasitve novega kazenskega zakonika (KZ-1) dalje je jasno, da omenjeni zakon ne velja za genetske preiskave, ki ne napovedujejo dedne bolezni ali omogočajo določitev nosilstva gena, odgovornega za bolezen, ali za preiskave, ki ne odkrivajo genetske nagnjenosti ali dovzetnosti za bolezen.
Kot veleva kazenski zakon, ki ga je sprejel Državni zbor Republike Slovenije 28. maja 2008 v 114. členu in 3 odstavku:

Prepovedana tvorba živih bitij

114. člen

(1) Kdor izdeluje ali sodeluje pri izdelovanju ali poskusih izdelovanja ali križanja človeka ali drugih vrst, kar je za človeštvo škodljivo in prepovedano po predpisih in po mednarodnem pravu, se kaznuje z zaporom od petih do petnajstih let.
(2) Če gre pri dejanjih iz prejšnjega odstavka za ustvaritev človeškega bitja, ki je genetsko istovetno z drugim živim ali mrtvim človeškim bitjem, za ustvarjanje človeških zarodkov v raziskovalne, industrijske ali komercialne namene ali za zamenjevanje pomembnih človeških delov telesa ali organov, kar po predpisih in po mednarodnem pravu ni dovoljeno, se storilec kaznuje z zaporom od desetih do petnajstih let.
(3) Kdor opravlja genetske preiskave, ki lahko napovejo dedne bolezni ali omogočajo določitev nosilstva gena, odgovornega za bolezen, ali odkrijejo genetsko nagnjenost ali dovzetnost za bolezen, vendar se te preiskave ne opravljajo izključno v zdravstvene namene ali kot zdravstvene raziskave v zdravstvene namene, ali kdor pri opravljanju preiskav opusti ustrezno genetsko svetovanje ali s kršitvijo predpisov izvaja znanstvene preiskave na področju biologije in medicine, ki so prepovedane po predpisih in po mednarodnem pravu, se kaznuje z denarno kaznijo ali z zaporom do treh let.
(4) Enako kot v prejšnjem odstavku se kaznuje, kdor pri raziskovanju na človeških zarodkih ogrozi integriteto ali življenje človeškega zarodka.
(5) Kdor omogoča dejanja iz prvega ali drugega odstavka tega člena s financiranjem, s tem, da daje na razpolago objekte, pripomočke ali tvarine za izdelavo živih bitij ali njihovo križanje, s pridobivanjem sodelavcev ali z drugačnim organiziranjem izdelave, se kaznuje z zaporom od treh do desetih let.

je smiselno razmisliti sledeče:
Danes so posamezniku na voljo genetske preiskave, katerih omenjeni zakon ne omenja (sorodstveni odnosti, barva oči). Vse preiskave nedvomno niso opravljene v zdravstvene namene. Vendar se tudi na tovrstne genetske preiskave komercialna ponudba nemalokrat nanaša (predhodni zapisi v prispevkih objavljenih v BioNovicah).
Komercialna ponudba, ki jo nudijo podjetja, ki opravljajo genetske preiskave je v splošnem dveh vrst. Podjetja omogočajo določitev celotnega nukleotidnega zaporedja ali preiskovanje polimorfizmov posameznega nukleotida. Slednje, genetske preiskave se največkrat izvajajo z uporabo mikromrež (DNA mikromrež ali biočipov). Omogočajo hkratno analizo več 1000 polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) oz. več 100.000 SNP, in od teh SNPov so določeni SNPi bolj informativni kot drugi (vsaj za zdaj). Številne študije ugotavljajo povezave SNPov z učinkovitostjo določenih zdravil na posameznika, tveganja za razvoj obolenj, barvo oči, kože .... Pri tem je potrebno razumeti, da so preiskave (po priporočilih) opravljene s standardiziranimi mikromrežami, kjer se preiskujejo SNPji, ki so se na osnovi predhodnih študij izkazali za bolj ali manj informativne v povezavi z določenimi preiskovanimi lastnostmi. Za vse SNPe, ki so vključeni v platformo mikromreže ni znana povezava med varianto in lastnostjo (fenotipom). Vendar ni izklučena možnost, da se bo lahko s časom tudi kateri od neinformativnih SNP izkazal za informativnega. Celo še več, morda bo določen SNP omogočal napoved dedne bolezni ali omogočil določitev nosilstva gena, odgovornega za bolezen, ali da se odkrije genetsko nagnjenost ali dovzetnost za bolezen. Vendar tega izvajalec storitve v času ko jo je opravil za naročnika ni mogel vedeti. Kljub temu tekoče raziskave, ki proučujejo povezavo med obolenji in SNP profilom proučevanih in kontrolnih populacij odkrivajo nove povezave, ki lahko napovedo tveganje. Kasneje so tovrstne študije (asociacijske študije), ki imajo podobne ali enake kriterije preiskave, združene v preiskavo t.i. metaanalizo, ki lahko služi kot močno orodje za standardizacijo preiskav in rezultatov. Dražje in zahtevnejše analize, kjer določujejo celotno nukleotidno zaporedje posameznikovega genoma pa so še v začetni fazi, zato je toliko bolj verjetno, da bodo odkriti določeni genetski elementi, ki bodo lahko odkrili danes nepoznan zapis za določene lastnosti. Apeliramo na podjetja, ki opravljajo preiskave genetskega materiala posameznikom tudi na predelih genoma, kjer ne bi mogli predvideti vseh dobljenih informacij, da zagotovijo, da bodo v primeru odkritja povezave informacije z zdravstvenim tveganjem o tem preiskovanca/naročnika obvestili (naknadno) in izvedli vse ukrepe, kot bi jih, če bi se genetska informacija nanašala na zdravstvene preiskave. S tovrstnim zagotovilom bi se lahko zagotovilo, da bodo lažje doseženi ključni cilji, ki jih z genetskimi preiskavami želimo dosegati, celovito, ne le na področju zdravstva. Preveč neodgovorno je, če se posamezniku preda genetsko informacijo, ki danes ni povezana z zdravstvenim tveganjem, v prihodnje pa morda bo, da naj o tem poizveduje kar sam.

Prispevek citirajte kot: Borut Jerman, 2009, Genetske preiskave - preveč ali premalo regulirane? BioNovice, dostopno na http://bionovice.blogspot.com/ (17.07.2009)

Prijavi napako v prispevku.

Popravek 17.07.2009 Besedo analiza smo zamenjali z besedo preiskava.

Dodano 07.08.2009
Povezava do nove nemške zakonodaje o genski diagnostiki:
http://www.eurogentest.org/uploads/1247230263295/GenDG_German_English.pdf

Genetske preiskave - preveč ali premalo regulirane? by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.

Genetska analiza že za 199 USD

2009-07-16T14:16:00.005+02:00

16.07.2009
Podjetje Pathway Genomics je eno od podjetij, ki omogočajo genetske analize posameznikom. Omogočajo analize s katerimi bi lahko ugotovili kdo so vaši predniki za 199 USD in genetska tveganja za razvoj bolezni, kar stane 249 USD. Če pa se naročnik odloči tako za eno kot drugo analizo, ga komplet stane 348 USD. Več informacij najdete na spletni strani podjetja Pathway Genomics.

Priporočamo branje sorodnih objav v BioNovicah:
Kdo bo prejel nagrado Archon X PRIZE for genomics
Kako do DNK zaporedja brezplačno?
Genetsko svetovanje
Osebna genomika (2) - podjetja, ki nam nudijo vpogled v našo DNK
Osebna genomika

Učbenik Onkologija - raziskovanje, diagnostika in zdravljenje raka

2009-07-13T17:02:00.006+02:00

Na spletni strani Onkološkega inštituta Ljubljana sporočajo, da je pred kratkim izšel nov učbenik Onkologija - raziskovanje, diagnosti in zdravljenje raka, ki je na voljo v prosti prodaji.

Biotehnološka dejavnost v Sloveniji dobiva vse večji zagon

2009-07-10T14:01:00.013+02:00

Želja o sodelovanju znanosti in industrije v Sloveniji se kaže tudi na področju biotehnologije, kar je spodbudno. Prenos temeljnih (spo)znanj v aplikacije je omogočil, da so biotehnološki produkti in storitve na voljo končnemu potrošniku (tudi v Sloveniji), zato se lahko potrošniki odločamo o tem komu bomo npr. zaupali hrambo izvornih (matičnih) celic, kdo nam bo nudil storitev zdravljenja z njihovo uporabo, kdo nam bo analiziral našo DNK (deoksiribonukleinsko kislino) in ali bomo gojili in uživali gensko spremenjene organizme.

Biotehnološke storitve so v "prosti" prodaji!
Pojdimo v gene-shopping ali v biobanko.

Z vsemi t.i. novimi (bio)proizvodi in (bio)storitvami, o katerih so generacije pred nami lahko le sanjale ali se spraševale kam nas vse to vodi, se je danes, ko lahko posameznik o sebi kupi biološke informacije kar preko interneta ali v okolje sprošča genetsko spremenjene organizme, marsikaj spremenilo. Zato predlagamo določena izhodišča za diskusijo.

Izhodišča za odprto diskusijoKot posledica aktivnega trženja biotehnoloških proizvodov in storitev h končnemu uporabniku se je pojavilo veliko nerazrešenih vprašanj, ki jih imajo posamezniki, kot tudi slovenska stroka. Smernice reševanja problemov so jasne, vendar je vprašanje kako uspešno bomo slediti direktivam EU ter znanstvenim stališčem. To se bo najbolje pokazalo čez čas. Nedvomno pa je potrebno danes o tem več javno razpravljati, da se zagotovi kakovost, varnost in uporabnost bioloških podatkov za vse, ki slednje potrebujejo ter vzpostavi zaupanje in splošna izobraženost splošnega prebivalstva.

Priporočamo ogled strani: EuroGenTest nudi številne informacije o genetskih preiskavah in GMO-safety o varnosti gensko spremenjenih organizmov, ki se namerno sproščajo v okolje.

SOS odziv (SOS response)

2009-07-09T17:15:00.011+02:00

Kategorija: Antibiotiki

10.07.2009, Borut Jerman
Ob poškodbah DNK se pri bakterijah sproži t.i. SOS odziv. Izraz je prvi v zgodnjih 70 letih prejšnjega stoletja uporabil Miroslav Radman (Radman, 1975) za opis pleiotropnega odziva pri celicah, ki so pod stresom. "SOS odziv" je inducibilen DNK popravljalni mehanizem, ki sproži "error prone" popravljalni mehanizem (popravljanje poškodb DNA z napakami) kot izogib smrti ob hudih poškodbah na DNK (Friedberg in sod., 2006). Omogoča toleranco znotrajceličnih poškodb in poškodb, ki so izzvane z UV svetlobo, genotoksičnimi agensi, vključno z nekaterimi antibiotiki. Dva pomembna proteina imata pri tem glavno vlogo: RecA in LexA. RecA protein ima ključno in povezovalno vlogo v SOS odzivu. RecA se aktivira ob prisotnosti enoverižne DNK (angl. single strand DNA, ssDNA) in nukleozid trifosfata. Nastanek enoverižne DNK (ssDNA) po številnih poteh, odvisno od lastnosti inducirajočega agensa, vodi v nastanek ssDNA-RecA nukleoproteinskega filamenta. Ta nukleoproteinski filament se poveže z LexA proteinom in deluje kot ko-proteaza, ki sproži avtokatalitično razgradnjo represorja LexA. Pri tem se izpostavijo mesta za razgradnjo LexA dimera (Neher in sod. 2003; 2006). Poruši se dimerna struktura LexA proteina vezanega na promotor, s tem se zniža število dimerov vezanih na promotorska zaporedja, kar pa posledično omogoči izražanje genov, ki so bili reprimirani z LexA. Geni, ki so izraženi ob sprožitvi SOS odziva, vključujejo proteine vključene v popravljanje DNK poškodb in rekombinacijo. Ko so poškodbe popravljene in inducirajoči agens odstranjen, je represija genov s strani LexA proteina ponovno vzpostavljena in sistem je ponovno pripravljen.
Mesto cepitve, kjer poteka avtokatalitična cepitev s strani LexA proteina, je ohranjeno tudi pri drugih proteinih znotraj naddružine LexA. Pri bakteriji Escherichia coli imajo ohranjena mesta proteini UmuD in številni represorji bakteriofagov, toksinov in mobilnih genetskih elementov. Aktivacija RecA preko SOS odziva lahko povzroči derepresijo temperiranih bakteriofagov v genomu, kar ima lahko pomembne posledice kot so npr. povečanje horizontalnih genskih prenosov ali spremenjeno ekspresijo genov, ki so kodirani v fagnem genomu, npr. toksinov.
Mnoga zdravila, med drugim tudi (fluoro)kinoloni, sprožijo SOS odziv. Čeprav mehanizem kako zdravila sprožijo SOS odziv še ni povsem pojasnjen, je predpostavljeno, da se SOS odziv sproži kot posledica interakcije zdravila z encimom topoizomerazo tipa II (DNA girazo) in z nastankom dvoverižnih zlomov DNA, kar omogoča nastanek ssDNA (Malik in sod., 2006).

Viri:

Friedberg, E.C., Walker, G.C., Siede, W., Wood, R.D., Schultz, R.A., and Ellenberger, T. (2006) DNA Repair and Mutagenesis, 2nd edn.: American Society of Microbiology Press.

Malik, M., Zhao, X., and Drlica, K. (2006) Lethal fragmentation of bacterial chromosomes mediated by DNA gyrase and quinolones. Mol Microbiol 61: 810–825.

Neher, S.B., Flynn, J.M., Sauer, R.T., and Baker, T.A. (2003) Latent ClpX-recognition signals ensure LexA destruction after DNA damage. Genes Dev 17: 1084–1089.

Neher, S.B., Villen, J., Oakes, E.C., Bakalarski, C.E., Sauer, R.T., Gygi, S.P., and Baker, T.A. (2006) Proteomic profiling of ClpAP substrates after DNA damage reveals extensive instability within SOS regulon. Mol Cell 22: 193–204.

Radman M. (1975) SOS repair hypothesis: phenomenology of an inducible DNA repair which is accompanied by mutagenesis.Basic Life Sci.;5A:355-67.

Prispevek citirajte kot: Jerman B. (2009), SOS odziv, BioNovice, dostopno na URL: http://bionovice.blogspot.com/

SOS odziv (SOS response) by Borut Jerman is licensed under a Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 2.5 Slovenija License.

Antibiotiki in mehanizmi odpornosti (2)

2009-07-09T15:01:00.008+02:00

Kategorija: Antibiotiki

09.07.2009, Borut Jerman

Antibiotike lahko kot izjemen dosežek umestimo v 20. stoletje. Antibiotiki so običajno učinkovine majhne molekulske mase, ki s svojim delovanjem uničujejo mikroorganizme (delujejo baktericidno) ali pa zavirajo njihovo rast (delujejo bakteriostatično). Preprečujejo normalno delovanje bakterije, bodisi z delovanjem na celično steno, citoplazmatsko membrano, biosintezo proteinov ali biosintezo nukleinskih kislin (Madigan in Martinko, 2006). Velja splošno prepričanje, da imajo antibiotiki, kot značilni sekundarni metaboliti, nalogo omejevati rast kompetitivnih mikroorganizmov v naravnem okolju producentskega mikroorganizma, vendar pri vseh antibiotikih te razlage ni mogoče braniti (predavanja prof.dr.Franc V. Nekrep, blog MIKROB(io)LOG). Ugotavlja se, da antibiotiki pri nizkih koncentracijah delujejo kot kemični signali, ki uravnavajo tudi metabolne procese. Pri koncentracijah, ki so nižje od minimalno inhibitornih koncentracij, antibiotiki lahko stimulirajo ali inhibirajo izražanje genov na nivoju transkripcije (predavanje J. Davies, 1st FEMS Congress). Antibiotiki, ki motijo podvajanje bakterijske DNA in sintezo bakterijske celične stene v območju subinhibitornih koncentracij, izzovejo SOS odziv. S tem lahko vplivajo na horizontalne genske prenose, širjenje odpornosti proti antibiotikom in sprožijo sintezo virulentnih dejavnikov. Številne objave opozarjajo na ta fenomem pri bakterijah E. coli, Staphylococcus aureus in Vibrio cholerae. Proteina LexA-RecA sta ključna regulatorja SOS odziva (SOS odziv predpostavil Radman, 1975) in sta prisotna pri številnih vrstah bakterij (proteine iz različnih vrst najdemo pod povezavo). S tega vidika je pomembna previdnost pri uporabi antibiotikov, saj nenadzorovana uporaba in predpisovanje antibiotikov lahko pomembno vplivata na zdravstveno stanje posameznika.

Viri:

Madigan, M.T., and Martinko, J.M. (2006) Brock Biology of Microorganisms, 12th edn:Prentice Hall/Pearson Publishers

Predavanja F.V. Nekrep, 2000, Morfologija mikroorganizmov, Biotehniška fakulteta, Rodica, Slovenija

Predavanje J.Davies, 2003, The biology of small molecules, 1st FEMS congress, Ljubljana, Slovenija

Radman M. (1975) SOS repair hypothesis: phenomenology of an inducible DNA repair which is accompanied by mutagenesis.Basic Life Sci.;5A:355-67.

Antibiotiki kot rastni promotorji in mehanizmi odpornosti (1)

2009-07-07T16:35:00.008+02:00

Kategorija:Antibiotiki

08.07.2009, Borut Jerman

Antibiotiki so po svetu v uporabi tudi pri reji živali že mnoga desetletja, predvsem zaradi pozitivnih ekonomskih učinkov pri produkciji mesa. Dodani v nizkih koncentracijah živalski krmi izboljšajo rast živali, zato jih imenujemo tudi rastni promotorji. Zaradi povečanega širjenja odpornosti proti antibiotikom, ki so v humani in živalski uporabi za zdravljenje bakterijskih infekcij je Evropska komisija (EC) s 1. januarjem 2006 prepovedala uporabo rastnih promotorjev v živalski krmi. Prepoved je bila potrebna, saj uporaba antibiotikov lahko povzroči selekcijo odpornih bakterijskih sevov pri živalih, ki se lahko prenesejo na človeka preko neposrednega stika ali preko hrane, kar vodi k zmanjšani učinkovitosti antibiotikov, ki so uporabljeni za zdravljenje humanih in živalskih infekcijskih obolenj. V prispevkih bomo predstavili mehanizme bakterij, ki ob izpostavljenosti koncentracijam antibiotikov, ki so nižje od letalnih za bakterije lahko vodijo do širjenja odpornosti proti antibiotikom. Poznavanje neželenih učinkov in posledic le-teh lahko prispeva k varnejši uporabi antibiotikov.

ERA-NET PathoGenoMics podelila nagrade za najboljša doktorska dela

2009-07-06T10:24:00.010+02:00

06.07.2009, JB
Na sliki: kolonije bakterije E coli (foto: Borut Jerman)

ERA-NET PathoGenoMics je projekt, katerega financira Evropska komisija z namenom spodbujanja mednarodnih raziskav na področju patogenomike. V sklopu projekta vsako leto podeljujejo nagrade za najboljša doktorska dela s področja genomike patogenih mikroorganizmov. Med tremi nagrajenci je dr. Matej Butala, univ. dipl. mikr., ki je z delom "Molekularni mehanizmi s temperaturo uravnavanega izražanja kolicina K (bakterije Escherichia coli)" doktoriral leta 2008. Kot lahko preberemo na strani BussinessWire je njegovo delo pomembno prispevalo k razumevanju nastanka odpornosti proti antibiotiku ciprofloksacinu pri bakteriji Escherichia coli. Ciprofloksacin, pogosto uporabljen antibiotik iz družine fluorokinolonov spada med SOS-inducirajoče agense, ki sprožijo t.i. SOS odziv pri bakterijah, kar posledično lahko vodi do nastanka odpornosti proti antibiotiku. V študiji so avtorji pokazali, da ko je koncentracija ciprofloksacina nižja od letalne doze, se pri bakterijah sproži SOS odziv na specifičen način. Rezultati študije opozarjajo na to, da je pri uporabi SOS inducirajočih antibiotikov potrebna posebna skrb. Nagrade so bile podeljene na tretjem FEMS kongresu (FEMS - Federation of European Microbiological Societies).

Iskrene čestitke!

Izvorne celice

2009-06-30T16:28:00.004+02:00

30.06.2009, JB

Kategorija: Izvorne celice
Novim spoznanjem in podrobnemu razumevanju temeljnih bioloških procesov mnogokrat sledijo tudi izjemni napredki na področju medicine. In obratno, večina biomedicinskih raziskav omogoča razumevanje in umestitev v prakso pred tem poznane biološke procese. Primere najdemo na skoraj vseh področjih bioznanosti, eno tovrstnih je bilo npr. znanstveno spoznanje, da se razvoj raka lahko prične kot posledica ene mutacije v enem genu v eni celici. Temu so sledila odkritja ključnih mutacij v zaporedju DNK (vseh še zdaleč verjetno ne poznamo), razvoj diagnostičnih testov in zdavil, ki omogočajo uspešno zdravljenje.
Večina biomedicinskih raziskav se usmerja predvsem na starostna obolenja, saj smo v razvitem svetu priča staranju prebivalstva in podaljševanju življenjske dobe. Pri starostnih obolenjih lahko na celičnem nivoju običajno opazimo tri vrste problemov, ki so lahko razlog za razvoj obolenja: celice se prekomerno delijo, celice se premalo ali se ne delijo ali celice imajo okvarjeno funkcijo.
V primeru prekomerne celične delitve lahko sledi nastanek tumorja. Zdravila, ki so na voljo ali se razvijajo so usmerjena v zaviranje rasti in/ali delujejo toksično za celice, ki se delijo. Pri novejših bioloških zdavilih se poskuša doseči usmerjeno in učinkovito delovanje. Nezmožnost celic, da se delijo, se odraža kot nesposobnost popravljanja poškodb tkiv ali organov, to je opaziti pri poškodbah kostnega mozga ali v primeru slabitve srčih mišic. Okvare celičnih funkcij pa nastopajo pri boleznih kot so hemofilija (nezmožnost sinteze faktorjev za strjevanje krvi s strani jeternih celic) ali diabetes mellitus (nezmožnost proizvodnje inzulina s strani celic pankreasa). Medicinska praksa tovrstne nepravilnosti in obolenja večinoma uspešno zdravi z uporabo zdravil (inzulin) ali kirurško (presaditev srca).
Ob močni podpori molekularne in celične tehnologije, ko postaja vse bolj definirano področje izvornih celic pa se začenja obdobje, ko bo morda vendarle mogoče temeljna spoznanja celične biologije uspešno prenesti tudi v medicinsko prakso. Mnogo študij je bilo usmerjenih v učenje imunskega odziva za prepoznavo in uničevanje tumorskih celic, raziskuje se ali bi se lahko vzgojilo celice različnih tipov (celice kože, srca, hrbtenjače) in v primeru okvar celičnih funkcij, celice, ki bi bile ponovno sposobne opravljati manjkajoče funkcije.
Novi načini zdravljenja z izvornimi (avtolognimi ali alogenskimi) celicami so na vidiku, vendar, da se bodo spoznanja in napredki prenesli v vsakdanjo medicinsko prakso je potrebno rešiti najmanj zahtevne tehnične, regulatorne in etične probleme, ki spremljajo uporabo izvornih celic za zdravljenje.
Preberite pretekle objave v BioNovicah:
Hramba matičnih celic in njihova uporaba

Novi virus gripe (7)

2009-06-26T17:40:00.005+02:00

26.06.2009
Po razglasitvi 6. faze pripravljenosti na pandemijo (Svetovna zdravstvena organizacija, WHO) so se pojavili tudi prvi potrjeni laboratorijski izvidi okužbe z novim virusom gripe v Sloveniji (vir: Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije, IVZ-RS). Trenutno so ugotovili 3 potrjene primere od skupno 54 analiziranih.

V času dopustov je smiselno preveriti stanje v državi, kamor se namenimo na počitnikovanje, preglednico s številom potrjenih primerov z okužbo virusa gripe najdete na tej povezavi.

Več podatkov, ki jih popotnik potrebuje predno se odpravi na potovanje pa najdete v 9. izdaji WHO: International travel and health in v interaktivni mapi.

Hramba matičnih celic in njihova uporaba

2009-06-18T17:04:00.003+02:00

18.06.2009 JB
Področje regenerativne medicine vsako leto prinaša nova spoznanja in rešitve, kar je spodbudilo podjetne skupine k ustanovitvi t.i. biobank v katerih je mogoče shranjevati celice, krvne pripravke in drug biološki material. Biobanke nudijo storitve v vseh razvitih državah, kjer je urejena zakonodaja s tovrstnega področja. Storitve hrambe za posameznika so v glavnem plačljive, lahko pa biološki material prostovoljno doniramo v okviru javnih institucij (npr. darovanje krvi, popkovnične krvi, kostnega mozga ali semenčec), katerega hramba je brezplačna, vendar se material donira tistemu, ki ga potrebuje in ustreza vsem zahtevanim kriterijem za prejem.
Od leta 2007 je na voljo komercialna ponudba za hrambo matičnih celic otroka, katere pridobijo iz popkovine. Tovrstna komercialna ponudba je navoljo vsem, ki imajo na razpolago zadostna finančna sredstva, da za svojega otroka dajo v hrambo celice. To je nekakšna naložba za otrokovo prihodnjost v smislu, če bo te vrste celice potreboval. Podjetja, ki nudijo hrambo celic v Sloveniji so vsaj tri: Neocelica d.o.o., partner je podjetje Cryo-Save, podjetje Izvorna celica d.o.o., katere partner je podjetje Vita 34 in BPK d.o.o. (Biohramba popkovnične krvi), katerega partner je Zavod za transfuzijsko medicino Republike Slovenije. Ker pa je hramba celic kar precejšen finančni zalogaj (okoli 1500 -2500 EUR) se mnogi bodoči starši vprašajo, zakaj je shranjevanje smiselno in kaj bo otrok s tem pridobil?
Trenutno intenzivno potekajo študije uporabe matičnih celic za zdravljenje in v določenih primerih so uspehi že znani, npr. za zdravljenje določenih tipov levkemije. Čeprav je celice iz popkovine mogoče diferencirati v različne vrste celic, ki izražajo lastnosti značilne za npr. živčno tkivo, pa vidnih uspehov žal na vseh področjih, za katere potencial obstaja, še ni. Npr. zdravljenje nevrodegenerativnih obolenj kot so Parkinsonova bolezen, Alzheimerjeva bolezen ali zdravljenje akutnih poškodb hrbtenjače še niso uspešne. Vendar se tudi na tem področju spreminja. Letos je ameriško podjetje Geron pričelo s prvo fazo kliničnih testiranj z uporabo človeških zarodnih matičnih celic za zdravljenje akutnih poškodb hrbtenjače. Letos so ZDA odobrile financiranje raziskav zarodnih celic tudi javnim raziskovalnim inštitutom in univerzam, kar pred tem ni bilo dovoljeno. Prav tako potekaj številne raziskave v okviru projektov v UK in EU, ki so usmerjene v iskanje načinov za zdravljenje bolezni. Kaj nam bo prinesel čas pa lahko le ugibamo. Vendar je jasno, da matične celice vse bolj poznamo in razumemo, kar daje svetlo luč za v prihodnje. V ta namen bomo pripravili podstran biobloga BioNovice, z imenom Izvorne celice, kjer boste bralci BioNovic lahko vsakodnevno spremljali zbrane novice in nova spoznanja s področja matičnih (izvornih) celic.

Poznate rešitev problema?

2009-06-11T19:26:00.008+02:00

11.06.2009 JB

Revija Nature ima rubriko Open Innovation v sodelovanju s podjetjem InnoCentive, kjer najdete seznam aktualnih problemov s področja naravoslovja. V kolikor poznate rešitev problema imajo za vas pripravljene lepe nagrade. Spremljajte aktualne probleme, morda ste vi ta, ki pozna rešitev.

Kdo bo prejel nagrado Archon X PRIZE for genomics

2009-06-11T14:11:00.007+02:00

11.06.2009 JB
Danes se končuje konferenca tržne genetike (spremljajte tudi blog Nove biologije in Genetic Future), ki je usmerjena predvsem v ponudbo genetskih storitev za posameznike. Kot lahko preberemo v GenomeWeb Daily News, ki tekoče poroča novice iz konference tržne genetike, je novosti kar nekaj. Podjetje Illumina (ILMN) je napovedalo, da lahko določi celotno zaporedje človeškega genoma že za manj kot 50000 USD partnerskim podjetjem, ki nudijo genetske storitve posameznikom (več na GenomeWeb). Če to drži, velja za favorita tekmovanja Archon X PRIZE for genomics (ni podatka ali je vključena v tekmovanje, vendar morda seznam ni popoln), ki bo zmagovalca nagradilo z 10 miljoni USD. Stroške analize morajo uspeti znižati še za 80% in analize 100 človeških genomov izvesti v 10 dneh. Vendar so v tekmi za nagrado še druga podjetja, ki so v preteklosti razvila uspešne instrumente za določevanje zaporedja nukleinskih kislin. Naj omenimo le nekatera.
Korporacija Life Technologies (LIFE), ki je nastala po združitvi podjetija Applied Biosystems in korporacije Invitrogen, 454 Life Sciences, ki je del korporacije Roche (pred kratkim prevzela po tržni vrednosti največje biotehnološko podjetje Genentech) in pa druga manjša podjetja kot so Knome, Helicos Bioscience (HLCS), Oxford Nanopore Technologies, VisiGen Biotechnologies, ZS Genetics, in druga.

Slovenija - možnosti za zaposlitev v bioznanosti in bioindustriji

2009-06-09T11:24:00.008+02:00

09.06.2009, JB

Prihaja aktualni čas izbora novih mladih raziskovalcev v okviru javnih zavodov in gospodarstva. Listo mentorjev, ki bodo omogočili usposabljanje novim mladim raziskovalcem je objavila Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS) marca letos. Raziskovalci(predvsem iz tujine) najdejo možnosti financiranja za študij in raziskovalne projekte tudi na strani Javnega sklada Republike Slovenije za razvoj kadrov in štipendije Ad-futura. Poleg tega je mogoče najti tudi razpise, ki jih objavlja Slovenska znanstvena fundacija. Za podjetnike, ki bi želeli ustanoviti (biotehnološko) podjetje so možnosti inkubacije v okviru inkubatorjev (Ljubljanski univerzitetni inkubator, Tovarna podjemov v Mariboru, Univerzitetni inkubator Primorske) ali v tehnoloških parkih (Tehnološki park Ljubljana-Brdo, Primorski tehnološki park). Za pridobitev virov financiranja pa je smiselna predstavitev ideje klubu poslovnih angelov Slovenije ali skladom tveganega kapitala. Prav tako so, kot obramba pred vse hujšo gospodarsko krizo na voljo številna sredstva za mikro in mala podjetja (informacije najdete na stani Slovenskega podjetniškega sklada). Vendar ne pozabite, biotehnologija je še vedno uvrščena med dejavnosti, ki so povezane z izjemnim tveganjem in kjer se vložena sredstva ne povrnejo čez noč.

Nova upanja za razvoj cepiva proti HIV

2009-06-08T23:36:00.005+02:00

09.06.2009, JB

Novo upanje za razvoj cepiva, kot predstavljajo avtorji publikacije v Nature Biotechnology, je v imunogenih, ki so sposobni izzvati trajno sproščanje protiteles, ki nudijo učinkovito obrambo proti sevom virusa HIV. Kot omenijo, je bilo do sedaj na tem področju narejeno malo napredka. Na živalskem modelu so pokazali, da če opice sproščajo protitelesa ali imuno-vezavne beljakovine, ki so predhodno sprecifične za opičji virus Similian immunodeficiency virus (SIV), imajo učinkovito obrambno pred i.v. okužbo s SIV. Tovrstne raziskave dajejo upanje za uspeh človeštva v borbi proti epidemiji virusa HIV.

Kako do DNK zaporedja brezplačno?

2009-06-07T09:55:00.010+02:00

07.06.2009, JB

Pričakuje se, da bomo živeli dlje

Upravičeno imamo večja življenska pričakovanja kot pred desetletjem. Pričakovanja glede daljše življenske dobe se v razvitih državah močno povečujejo že zadnjih 50 let. K temu je v zadnjem stoletju izjemno pripomoglo odkritje in uporaba protimikrobnih učinkovin (antibiotikov, antimalarikov,...) ter cepiv. Življenska doba se je v razvitih državah s tem povečala. Sorazmerno, posledično z daljšo življensko dobo, se povečuje število kroničnih in starostnih obolenj.

Poleg naravnih problemov, ki naj bi jih reševal biotehnološki, farmacevtski in zdravstveni sektor, pa je slutiti še prihajajoče težave v zdravstveni blagajni. Torej, kako naprej, glede na to, da si bodo ljudje v prihodnje želeli kakovostne storitve, podprte tudi z informacijo o DNK (genske informacije), ki pa je zaenkrat še zelo draga.

Post-genomika: prinaša nove rešitve za starejše?

Danes v začetkih post-genomske dobe je na voljo mnogo rešitev, ki so pod strokovnim in ekonomskim nadzorom, zato je upravičeno pričakovati, da bo genomska tehnologija ljudjem ob vse daljši življenski dobi potrebna in da bodo ljudje zato želeli, da je na voljo vsem, ki potrebuje tovrstne informacije. Genomska tehnologija (določevanje celotnega zaporedja genoma posameznika) je danes še predraga, da bi bila na voljo posamezniku za dostopno ceno (celotno zaporedje človeškega genoma podjetje Knome določuje za 68.000 USD). Kljub temu pa je mogoče najti genomske raziskave (tako v ZDA kot EU), ki so finančno podprte v okviru raziskovalnih projektov in omogočajo, da se posameznikom določi celotno zaporedje DNK in to brezplačno. Prve raziskave so v teku, rezultati analiz pa bodo na voljo že letos poleti. Poleg 1000 Genomes Projects pa potekajo številni raziskovalni projekti, ki so usmerjeni v povezave z boleznimi.

Po dostopni ceni za posameznika pa je mogoče na osnovi določevanja polimorfiznov posameznega nukleotida (SNP), kar običajno določujejo z biočipi (proizvajalcev Affymetrix, Illumina) in stane manj kot 300 EUR. Tovrstno analizo ponujajo podjetja, ki ponujajo komercialno genetsko analizo posamezniku (npr. podjetja 23andMe, Navigenics, deCODE me, Myriad Genetics, ter v Sloveniji podjetji GenePlanet in Genelitik). Vendar je pri tovrstni analizi gotovo potrebna previdnost, saj se genetska analiza osredotoča le na SNPje, ne daje pa informacij o delecijah, substitucijah, insercijah, ki jih ima posameznik. Poleg tega lahko SNPje pregledujejo v kodirajočih delih genoma (eksonih) ali v izvenkodirajočih regijah (regulatornih regijah, intronih,...). Tako pridobljena informacija genoma ni celotna. Upanje je, da bodo podjetja v svoj nabor analiz uvrstila vse študije, ki so dale pomembne in nedvoumne rezultate. Vendar, da bo temu res tako, je potrebno področje utrezno regulirati.

Novi virus gripe (6)

2009-06-04T13:02:00.007+02:00

Image via Wikipedia

04.06.2009
Kot poročajo številni mediji se novi virus gripe še vedno širi, pojavljajo se novi primeri okužb. Po začetnem izbruhu konec marca in v začetku aprila 2009, ko so poročali o okuženih in smrtnih primerih iz skoraj vseh kontinentov sveta se je v mesecu maju hitrost širjenja zmanjšala. Trenutno je število potrjenih primerov okužbe z virusom nove gripe že skoraj doseglo 20000 oseb. Vendar tveganje za okužbo z novim virusom gripe še vedno obstaja. Zato priporočamo, da spremljate aktualne novice na temo novega virusa gripe preko povezave Novi virus gripe, kjer so zbrane povezave do poročil CDC in WHO.

Referenčni genom

2009-06-04T10:27:00.008+02:00

Image via Wikipedia

04.06.2009
Po objavi osnutka zaporedja človeškega genoma je bilo znano, da zaporedje ni dokončno določeno ter da določene regije genoma niso uspešno določene. Težave so se pojavljale v zaporedjih, ki jih s takratnimi tehnologijami določevanja nukleotidnega zaporedja niso mogli uspešno prebrati (predvsem ponavljajoča zaporedja) in v t.i. prazninah, kjer niso vedeli kako si zaporedja nukleotidov sledijo. V ta namen še danes poteka določevanje genomskih regij, ki so problematične. Konzorcij The Genome Reference Consortium, v katerega so vljučeni The Wellcome Trust Sanger Institute, The Genome Center at Washington University, The European Bioinformatics Institute in The National Center for Biotechnology Information naj bi probleme zaporedja razvozljal in objavil referenčno zaporedje človeškega genoma letos poleti na strani projekta Ensembl.

Odpornost proti dosedaj učinkovitemu antimalariku

2009-05-29T12:53:00.006+02:00

Image via Wikipedia

Kot poroča danes časopis Dnevnik so znanstveniki odkrili prve primere odpornosti proti antimalarikom. Pojav odpornosti je vse bolj pereč tudi v primeru odpornosti proti antibiotikom, zato je potrebno tudi v prihodnje tovrstni raziskavam posvetiti posebno pozornost, okrepiti njihovo financiranje in poiskati ustrezne rešitve.

Kam poleti in jeseni na strokovno izobraževanje

2009-05-29T11:22:00.005+02:00

Strokovna izobraževanja so pomemben del vsakega raziskovalca, študenti, dodiplomski in podiplomski pa lahko pridobijo zanimivo izkušnjo.

Aktualna šolanja in srečanja za letošnje poletje in jesen so:

Poletna šola z naslovom Osebna medicina - prehrana in zdravje bo potekala v sosednji Italiji od 15. do 17. julija 2009.

Mednarodna poletna šola z naslovom Matične celice in regenerativna medicina, ki jo organizirata Nacionalni inštitut za biologijo in Zavod za transfuzijsko medicino bo potekala od 21. do 24. avgusta 2009 v Piranu.

Kongres in srečanje članov Slovenskega biokemijskega društva in Slovenskega genetskega društva bo potekal na Otočcu od 20. do 23. septembra.

Če ste organizator določenega dogodka vas prosimo, da nas o tem obvestite. BioNovice

Možnosti financiranja biotehnoloških podjetij v začetni fazi

2009-05-29T09:18:00.004+02:00

Zanimiv prispevek na temo finančnih virov za biotehnološka podjetja v začetni fazi je objavil Biotechblog. V Sloveniji se je v zadnjih treh letih ustanovilo preko 10 biotehnoloških podjetij (poglejte povezave do podjetij pod rubriko Biopodjetja - Slovenska regija). Slovenska biotehnološka podjetja nam danes ponujajo genetske storitve, hrambo zarodnih celic, razvoj učinkovin, biološke in mikrobiološke analize in svetovanje.

V kolikor ne opazite vašega biotehnološkega podjetja, ki deluje v Sloveniji, na našem seznamu povezav, nas o tem obvestite. Z veseljem bomo dodali vašo povezavo.

Gensko spremenjeni organizmi - usmerimo spremembe

2009-05-28T16:37:00.005+02:00

Gensko spremenjeni organizmi so vsi danes živeči organizmi, ki imajo genetske lastnosti spremenjene, zaradi genetskega posega v genom z metodami genske tehnologije. Tovrstnih organizmov v naravi naj ne bi nikoli našli. Genom je zapisan v DNK (DNK; deoksiribonukleinska kislina), spakiran v kromosomih in v drugih genetskih elementih (kot so npr. plazmidi, mitohondrijska DNA, kloroplastna DNA). Z metodami genske tehnologije lahko genetski material organizmu dodamo, spremenimo ali odvzamemo. Omenjeni procesi se odvijajo tudi naravno saj je ravno odkritje tovrstnih mehanizmov in procesov, ki potekajo v naravi, omogočilo genetikom, da tehnologijo uporabljajo usmerjeno z namenom doseganja željenih sprememb, ki pa v naravi na tak način naj ne bi bile mogoče.

Ni vse v rokah znanstvenikov, raziskovalcev, komisij in proizvajalcev. Zelo pomembno je mnenje vseh nas, posameznikov, da postavimo določena stališča, kakšne spremembe so tiste, ki smo jih pripravljeni sprejeti in bodo v dobrobit in katerih sprememb nismo pripravljeni sprejemati, če vemo, da nam genska tehnologija omogoča usmerjene spremembe.

Nekaj primerov:

Ali si želimo bolj ustrezno sestavo maščob v rastlinah in mesu?

Ali si želimo odporne kulturne rastline na škropiva, ki so letalna za večino vrst pleveli?

Ali si želimo zelenjavo, ki ostane sveža na sobni temperaturi več tednov ali celo mesece?

Ali si želimo živila, ki imajo večjo vsebnost vitaminov?

Ali si želimo vrtno trato vseh barv, ali celo takšno, ki ponoči fluorescira?

Ali si želimo živilo in cepivo?

Verjamemo, da bodo predvsem tovrstna vprašanja tista, ki bodo v prihodnje ključna, odgovori vseh porabnikov pa bodo pomagali usmerjati razvoj in trg gensko spremenjenih organizmov. Na vprašanja varnosti pa naj odgovarjata izključno stroka in proizvajalci.

Gensko spremenjena hrana

2009-05-28T11:06:00.006+02:00

Včeraj smo poročali o tem, kjer lahko pridelovalci in potrošniki najdejo koristne informacije o gensko spremenjenih rastlinah (GSR) in gensko spremenjenih organizmih (GSO), ki bi lahko bili primerni za namerno sproščanje v okolje. Gensko spremenjenih živalih do sedaj niso bile tako aktualne, prijav v Evropi ni bilo mogoče zaslediti. Vendar kot lahko preberemo v zapisu dr. Marka Dolinarja na blogu Nove biologije pa se stanje spreminja in lahko pričakujemo v prihodnje tudi vloge za namerno sproščanje gensko spremenjenih živali. GSO bo vse več tako na trgu kot v fazi testiranj, prav tako pa se bo povečala potreba po rednem spremljanju in informiranju v zvezi z GSO.

Gensko spremenjene rastline (GSR)

2009-05-27T18:30:00.012+02:00

Gensko spremenjene rastline (GSR) in njihovo namerno sproščanje v okolje v teh dneh gotovo marsikomu zastavlja veliko pomembnih vprašanj. Za bralce BioNovic smo spletno poiskali, katere GSR bo mogoče sejati morda že v prihodnji setveni sezoni. Te najdemo v GMO Compass bazi podatkov. Trenutno je 110 gensko spremenjenih rastlin, ki so v evidenci za morebitno namerno sproščanje v okolje. Med kandidatnimi rastlinami najdemo bombaževec, krompir, koruzo, repično seme, riž, sojo, sladkorno peso in cvetlice. Rastline imajo spremenjene ali dodane določene lastnosti (npr. tolerantnost na herbicid, odpornost proti insektom). Prav tako pri izobraževanju o GSR ne izpustite slovenskega portala biološke varnosti.
Glede (ne)varnosti gensko spremenjenih organizmov, ki so sproščeni v okolje najdemo številne pomembne in zanimive novice tudi na spretni strani GMO Safety. V Sloveniji določa prisotnost gensko spremenjenih organizmov Nacionalni inštitut za biologijo.

Gensko spremenjene miši

2009-05-27T17:05:00.009+02:00

Gensko spremenjene laboratorijske miši so izjemno pomembne pri proučevanju vloge in fukcije posameznih genov. Danes so na voljo že skoraj vsi sevi miši, ki imajo izbite posamezne gene. Obsežno zbirko sevov najdemo v vse večji bazi neprofitne organizacije The Jackson Laboratory.

Atlas izražanja genov v mišjem zarodku

2009-05-25T12:52:00.004+02:00

Image via Wikipedia

Laboratorijske miši (Mus musculus) imajo 19 avtosomnih in spolna (XX ali XY) kromosoma. Genom je sestavljen iz približno 2,5 Gbp in ima zapis za nekaj manj kot 30,000 genov. 40 % genoma lahko povsem uskladimo z genomom človeka ter za 80% genov človeka najdemo homologne gene pri miši.

Priporočamo ogled atlasov izražanja genov v mišjih zarodkih, najdete jih na sledečih povezavah:
EMAGE
EURexpress
GenePaint

Novi virus gripe (5)

2009-05-22T10:23:00.002+02:00

Kot poroča IVZ RS do sedaj niso potrdili okužbe z novim virusom gripe.

Gensko spremenjeni organizmi (GSO)

2009-05-21T10:32:00.006+02:00

Predlagamo diskusijo na vse bolj aktualno temo namernega sproščanja gensko spremenjenih organizmov v okolje. Biotehnološki napredek je omogočil, da je danes na trgu vse več vrst GSO, ki jih je dovoljeno sproščati v okolje. Rastline, ki vstopajo na trg EU in so dovoljene za pridelavo ali so v procesu odločanja najdemo na strani GMO Compass v bazi podatkov.

Patentni spor proizvajalcev biočipov

2009-05-20T15:51:00.006+02:00

Patentne pravice so za biotehnološka podjetja oaza miru, na kateri lahko delajo in razvijajo svoje produkte, hkrati pa jim omogočajo konkurenčno prednost in monopol. Zato ne preseneča, da pogosto prihaja do sumov kršitve patentnih pravic. Tokrat, kot poroča San Jose Business Journal sta v sporu glede kršitve patentnih pravic podjetji Affymetrix in Illumina, dva največja svetovna proizvajalca genomskih platform.

Učinkovitost zdravil proti gripi

2009-05-20T15:41:00.004+02:00

Zanimiv prispevek na temo katero zdravilo proti gripi je boljše si lahko preberemo od Nathaniela Forbes. Tematika je zanimiva z vidika ekonomike, saj vemo, da ima Slovenija na zalogi Tamiflu za približno 1/4 prebivalstva.

Novi virus gripe (4)

2009-05-20T14:46:00.003+02:00

Analize kažejo, da se žal novi virus gripe še najprej uspešno širi.
Aktualne novice na temo novega virusa gripe.

Nevarnosti še ni konec

2009-05-08T15:01:00.005+02:00

Hitrost širjenja novega virusa gripe se je nekoliko zmanjšala, vendar nevarnosti še ni konec. Upoštevanje preventivnih ukrepov zato še vedno velja.

Število laboratorijsko potrjenih primerov in število smrtnih žrtev si lahko ogledate na zemljevidu.

5-6 faza pandemije novega virusa gripe

2009-04-30T10:40:00.005+02:00

Včeraj je Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) razglasila 5 fazo pandemije, ki opozarja, da se virus prašičje gripe prenasa s človeka na človeka (zato upoštevajte priporočila). Ni mogoče izključiti, da bodo potrjeni primeri okužbe z virusom gripe tudi v Sloveniji saj so potrjeni primeri okužbe z novim virusom gripe v Evropi. Ker gre za nevarno obliko virusa gripe se je potrebno resnosti situacije zavedati in zoper to v nasljednjih dneh tudi izvajati priporočjive ukrepe, vendar pri tem ne bodimo panični, prav tako ni razlogov za strah. Zdravstvene organizacije so na to dobro pripravljene, bodimo preventivno pripravljeni tudi mi.

Prašičja gripa (3)

2009-04-28T13:21:00.005+02:00

Kot poročajo številne tiskovne agencije se prašičja gripa intenzivno širi v različnih državah, širitev trenutno ni mogoče več zaustaviti (začetek 4. faze pandemske pripravljenosti), potrebno je začeti z izvajanjem preventivnih ukrepov in slediti navodilom odgovornih zdravstvenih organizacij.

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO): http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/phase/en/index.html

Ameriški center za nadzor bolezni (CDC): http://www.cdc.gov/

Evropski center za nadzor bolezni: http://ecdc.europa.eu/

Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije: http://www.ivz.si/

Preventivni ukrepi, ki jih lahko naredimo sami, da zmanjšamo možnosti za okužbo z virusom gripe

2009-04-28T09:54:00.009+02:00

Preventivni ukrepi, ki jih lahko izvedemo, da zmanjšamo možnosti za okužbo in širjenje prašičje gripe so sledeči:

1. Preprečimo stik z okuženim (izogibajmo se neposrednim kontaktom z okuženo osebo).

2. Ostanimo doma, če imamo blage simptome (zdravnika lahko najprej kontaktiramo preko telefona). S tem preprečimo, da bi okužili druge osebe.

3. Pokrijmo si nos in usta, da preprečimo širjenje virusa s čihanjem in kašlanjem.

4. Pogosteje si temeljito umivajmo roke, s tem preprečimo prenos virusa na druge osebe in na površine (npr. kljuke vrat).

5. Ne dotikajmo se po očeh, ustih in nosu. S tem preprečimo, da bi virus prenesli na roke in ga preko kontakta prenesli na druge osebe ali površine, katerih se dotikamo.

6. Skrbimo za dobro počutje (več se gibajmo, zmanjšajmo stres, več pijmo in uživajmo hrano, ki je hranilno bogata, vsebuje vitamine in minerale).

7. Uporaba zaščitne maske

Povzeli smo po strani Ameriškega centra za nalezljive bolezni (CDC).

Prašičja gripa (2)

2009-04-27T17:20:00.003+02:00

Aktualne novice na temo prašičje gripe.

Prašičja gripa

2009-04-27T16:29:00.006+02:00

Letošnje obdobje gripe je že kazalo na to, da nas bo viroza obšla. Te dni pa mediji intenzivno poročajo o izbruhu prašičje gripe (prašičji virus influence A, tip H1N1), ki prizadane tudi ljudi. Kot poročajo se število smrtnih žrtev še povečuje. Kot se je pokazalo gre za izredno nevarno obliko virusa gripe. Zaradi izredne migracije ljudi po svetu so tveganja za širitev večja.

Informacije o prašičji gripi lahko dobite na: CDC in Inštitutu za varovanje zdravja Republike Slovenije

Priporočamo blog: MIKROB(io)LOG

Dražba za določitev nukleotidnega zaporedja celotnega genoma (2)

2009-04-24T15:46:00.003+02:00

Dražba se je pričela!

Dražba za določitev nukleotidnega zaporedja celotnega genoma

2009-04-23T15:41:00.004+02:00

Podjetje Knome bo jutri na EBay dalo ponudbo (trajala naj bi 10 dni), da bo kupcu storitve določilo nukleotidno zaporedje celotnega genoma. Izhodiščna cena naj bi bila 68000 USD. Bomo videli za koliko bodo določili 2810 miljonov baznih parov (2,810 Mbp), kot je velik človeški genom. Kot kaže se je tehnologija močno pocenila in je sedaj že 250 USD dovolj za kompletno analizo 1 Mbp. Cena določitve zaporedja je primerljiva s ceno biočipa za določitev 1.000.000 SNP. No, verjetno celo ugodnejša saj vključuje še analizo. Zanima nas kaj bodo potem svetovali (kar je po zakonu obvezno!), ob tako obsežni informaciji.

Proteomske analize kmalu tudi za posameznika

2009-04-23T15:06:00.001+02:00

Kot kaže analize v prihodnje ne bodo omejene le na genom posameznika, temveč bodo intenzivno analizirali tudi proteom obolelega tkiva. Podjetje Expression Pathology , ki je specializirano za analizo proteoma iz tkivnih preparatov je sporočilo, da bo od Abraxis Bioscience prejelo finančno pomoč za razvoj testov, ki bodo na osnovi proteoma omogočal spremljati razvoj bolezni in učinkovitost zdravljenja. Tovrstni podatki bi lahko pripomogli tudi k odkrivanju novih markerjev in s tem usmerjeno zdravljenje posameznih pacientov. Kot kaže se znanost iz laboratorijev intenzivno seli v klinično medicino.

Se začenja slovenski biotech-boom?

2009-04-22T13:11:00.006+02:00

Tehnološki parki v Sloveniji postajajo izjemno primerno okolje za start-up biotehnoloških podjetij. Trenutno je mogoče med pridruženimi ali rednimi člani Tehnološkega parka Ljubljana Brdo najti kar 10 podjetij, ki delujejo na področju biotehnologije. Vsa podjetja niso novoustanovljena, saj lahko ugotovimo, da so nekatera že starejša od 15 let, vendar pa lahko opazimo porast od leta 2007 dalje!

glej povezavo Biotehnološka podjetja in inštituti - Slovenska regija.

Analiza biotehnološkega sektorja v ZDA (1)

2009-04-20T20:31:00.005+02:00

Podjetja, ki kotirajo na ameriških borzah in se ukvarjajo z biotehnologijo so uvrščena v sektor zdravje (angl. healthcare). Trenutna tržna vrednost sektorja zdravja predstavlja 1,5 triljarde USD, sektor biotehnologije pa skoraj 0,2 triljarde USD (vir:yahoo). Trenutne tržne vrednosti podjetij, ki kotirajo na borzah v ZDA je so med 1 miljonom in 100 miljardami USD, pri tem pa je vodilno biotehnološko podjetje Genentech (DNA), sledi pa mu Amgen (AMGN).

Biotehnologija - priložnost za Slovenijo?

2009-03-24T13:32:00.011+01:00

24.03.2009, Borut Jerman

Slovenija, ki je v zadnjih letih bila gospodarsko uspešna mora navkljub svetovni gospodarski krizi najti novo nišo, ki ji bo v prihodnje zagotovil izbolšanje socialnega in zdravstvenega položaja vseh državljank in državljanov ter ji omogočala slediti okoljskim smernicam. Glede na to, da Slovenija nima velikih količin pomembnih virov (nafta, rudnine, itd.), na ta način bi le še dodatno posegali v naravno okolje, bi lahko začela pospešeno vlagati in delovati na področju biotehnologije (v smislu najširše definicije). Tovrstno idejo predlagamo zato, ker je vsako leto precejšno število mladih, ki so izšolani s področij medicine, farmacije, biokemije, mikrobiologije, biotehnologije, kemije, veterine, laboratorijske medicine, nanotehnologije,... Vendar prav tem mladim izobraženim bodočim kadrom manjka podjetij, v katerij bi se lahko zaposlili. Možnosti zaposlitve so predvsem v javnem sektorju, manjka pa podjetij, ki bi mlade zaposlovala po končanem dodiplomskem ali podiplomskem izobraževanju (trenutno je biotehnoloških podjetij le peščica). Naj na tem mestu omenimo, da so slovenski znanstveniki iz naravoslovnih področij enako uspešni v svetovnem merilu, kot iz drugih držav, kjer imajo biotehnologijo dobro razvito, vendar zadnje študije kažejo predvsem na to, da prihaja do t.i. bega možganov. Mladi odhajajo delati v tujino. Imamo dobro generično farmacevtsko industrijo, kemijsko industrijo, vendar manjka predvsem biotehnološki sektor.

Na spletni strani Biotechnology-Europe najdemo število biotehnoloških podjetij po državah v Evropi.

Na blogu BioNovice lahko pod rubriko BioPodjetja - Slovenska regija (preimenovano v Biotehnološka podjetja in raziskovalni inštituti - Slovenska regija) najdemo spletne povezave do podjetij in zavodov, ki se ukvarjajo z biotehnologijo v Sloveniji. Prosimo sporočite nam, če vaše podjetje opravlja dejavnosti s področja biotehnologije v Sloveniji, vendar vas ni v seznamu povezav.

Strategij, kako pričeti intenzivno vlagati v biotehnologijo, je več. Izobraževanje v tej smeri že poteka zadnja leta preko LUI, Univerze v Ljubljani, Tehnoloških parkov in drugih organizacij, kjer so možnosti za prenos znanja v tehnologijo. Problem je le v tem, da sredstva, ki so običajno na voljo za ustanovitev biotehnoloških podjetij, niso zadostna za začetek in prodor na globalni trg. Začetna višina sredstev bi se lahko zmanjšalo s dosegom kritične mase biotehnoloških podjetij na enem mestu, ki bi med seboj sodelovala. Velikost sredstev je na začetku ključna, saj gre pravzaprav za visoko tehnologijo. Naj omenimo, da razvoj novih bioloških zdravil od predklinične faze do sprostitve na trg stane po zadnjih podatkih okoli 1 miljardo EUR. V primeru uspehov je zato tudi dodana vrednost na proizveden proizvod ali za opravljeno storitev bistveno višja, kot pri drugih dejavnostih. V ZDA najdemo kar nekaj podjetij, katerih tržna vrednost je med 1 - 100 miljardami. Da bi kaj podobnega lahko opazili v Sloveniji bi morala država pri tem nedvomno pomagati.

Prosimo dodajte svoje mnenje. BioNovice

Izvorne celice - spremljajmo podjetja iz ZDA

2009-03-18T14:03:00.007+01:00

Image via Wikipedia

Zaradi reforme, ki so jo izvedli v ZDA, v povezavi z financiranjem raziskav izvornih celic bo gotovo zanimivo spremljati podjetja, ki so usmerjena v tovrstne preiskave in razvoj novih metod zdravljenja. Pod drobnogled dodajamo delnice podjetij, ki kotirajo na ameriških borzah. Prvi odziv na dan objave novice je bil zelo pozitiven, saj so delnice tovrstnih podjetij močno pridobile.

Sektor biotehnologije

Aastrom Biosciences, Inc. (NASDAQ: ASTM)
Cytori Therapeutics, Inc. (NASDAQ: CYTX)
Geron Corporation (NASDAQ: GERN)
Neostem, Inc. (AMEX: NBS)
StemCells Inc. (NASDAQ: STEM)
Thermogenesis Corp. (NASDAQ: KOOL)

Če bodo omenjena podjetja v prihodnje uspešna, bi bilo smiselno opazovati tudi dogajanja pri podjetjih, ki nudijo podporno dejavnost tehnologiji zarodnih celic.

Genetsko svetovanje

2009-03-12T16:22:00.017+01:00

Genetsko svetovanje v Sloveniji opravljajo tako javni zdravstveni zavodi, kot tudi privatna specializirana podjetja (npr. preko koncesije ali brez).

Pri boleznih, pri katerih gre za prevlado genetskih dejavnikov nad okoljskimi, dajo analize lahko zelo točne rezultate, četudi napovedo le tveganje za razvoj obolenja. Pri tem je priporočljivo, da se preveri tudi ožje sorodstvo, če obstaja možnost tveganja za razvoj določenega (genetskega) obolenja tudi pri sorodnikih. Genetske preiskave so zelo zanesljive tudi pri prenatalni diagnostiki, in nekatere celo del obveznega testiranja. Vendar pa je vprašljivo kakšno svetovanje naj bi nudili pri preiskavah obolenj ali lastnosti, pri katerih prevladuje okoljski dejavnik (okolje v katerem živimo in delamo, prehrana, stres, razvade itd). Ali pri kompleksnejših primerih, pri katerih genetski dejavnik še ni nedvoumno določen. Prav tako se pojavi problem, če razlaga rezultatov posameznikovega genoma temelji na primerjavi rezultatov dobljenih pri drugih populacijah.

Po zadnjih ocenah bi lahko zaključili, da je prišlo do napredka s tem ko podjetja nudijo genetske storitve posamezniku, vendar je potrebna pri interpretaciji rezultatov precejšna previdnost. Zato smo mnenja, da naj bo genetsko svetovanje dovoljeno le ekspertom (genetikom), ki bodo posameznika znali opozorili na vse, kar bi lahko vplivalo na rezultat preiskave pri interpretaciji rezultatov. Nasprotno je lahko pomankljiva informacija tudi škodljiva.

Pravila v zvezi z genetskimi preiskavami in genetskim svetovanjem določa tudi novi kazenski zakonik (KZ) Republike Slovenije, v 114. členu.

Prosimo, dodajte svoj komentar. BioNovice

Priporočamo tudi branje prispevka, ki ga je objavil Bloomberg o 23andMe.

"Genomska" podjetja

2009-03-05T11:14:00.003+01:00

Image via Wikipedia

Podjetja, ki nudijo genomske analize in/ali njihove produkte so za človeka vse bolj pomembna, kot je pomembna genetika, iz katere njihova tehnologija v osnovi izhaja.

Biotehnološka podjetja, katerih dejavnost je predvsem usmerjena na področje genomike, je vse več. Za posameznika so lahko predvsem zanimiva glede ponudbe njihovih storitev. Ker se tovrstna tehnologija iz laboratorijev seli v vsakdanjo medicinsko prakso bomo v letu 2009 na blogu BioNovice spremljali dogodke in ozadja, ki so povezana s podjetji, ki tržijo produkte za analizo DNA pri ljudeh.

Pripravili bomo seznam podjetij in poskušali na osnovi dostopne znanstvene literature poiskati prednosti in slabosti tehnologij, na osnovi katerih njihovi produkti ali storitve temeljijo.

Predpostavljamo, da bo tako spremljevalec bloga BioNovice lahko lažje razumel, kakšne prednosti mu pravzaprav genomika prinaša in na kaj je potrebno biti pozoren, ko se za tovrstne analize odločamo (saj gre vendar za vpogled v lasten genetski zapis, ki je edinstven za vsakega posameznika). Skoraj gotovo pa je, da bodo tovrstne analize v kratkem dostopne posameznikom tudi v Sloveniji.

DNA portret

2009-02-09T17:23:00.003+01:00

Zanimivo kreacijo genetskega portreta si lahko naročite pri DNA11.

Identične mutacije in fenotipske variacije

2009-02-09T14:56:00.004+01:00

Zveza med (patogenimi) mutacijami in bolezenskim fenotipom pri ljudeh je kot kaže izjemno kompleksna. Dobro opisana klinična dejstva so lahko genetsko heterogena, mutacije v posameznem genu pa se lahko odražajo v različni klinični sliki, kar se odrazi kot fenotipska heterogenost v populaciji. Genetska heterogenost vključuje mutacije v različnih genskih lokusih ali alelne mutacije v posameznem genu, pri čemer pride do fenotipsko podobnih primerov.

Kakorkoli, pričakovano je, da je ena mutacija povezana z (eno) enotno klinično sliko. Vendar številni primeri kažejo na to, da to ni pravilo. Celo več, znanih je mnogo primerov z identično mutacijo, pri katerih so variabilne klinične slike. Čeprav število primerov takšnih težko rešljivih fenomenov vseskozi narašča, pa so osnovni genetski mehanizmi še vedno slabo razumljeni. V nekaterih primerih genetske alteracije (spremembe), ki so med seboj povezane vodijo v fenotipsko heterogenost, v drugih pa le epigenetski mehanizmi omogočajo verodostojno razlago za heterogenost. Mendlov koncep monofaktorskih bolezni se kaže kot vedno bolj neustrezen pri vedno več razvojnih motenjah pri ljudeh.

Primere si lahko ogledate v nekoliko starejšem, a še vedno aktualnem prispevku Ulricha Wolfa.

Osebna genomika (2) - podjetja, ki nam nudijo vpogled v našo DNK

2009-02-09T13:24:00.005+01:00

Z letom 2007 so se po svetu pričela ustanavljati zasebna podjetija, ki posamezniku omogočajo analizo DNK. Do danes je mogoče odkriti več kot 50 podjetij v ZDA in EU, ki tovrstne analize ponujajo. Analize storitev so na začetku stale približno 1000 EUR (tudi več), danes pa na trgu prevladuje cena, ki je lahko nižja od 300 EUR. Vendar kaj izvemo za to plačilo? Običajno rezultati vsebujejo verjetnosti za razvoj določenega obolenja. Vendar ali si to res želimo izvedeti? Če je odgovor: DA, potem smo gotovo željni vpogleda v prihodnost. Vendar, ali je metoda za napovedovanje verjetnosti ustrezna glede na populacijo, kateri pripadamo.... Vse to in še več bomo poskušali preveriti pri podjetjih, ki opravljajo to dejavnost z namenom, da izvemo, ali se ponudba storitve kako razlikuje in koliko ter v čem itd...

Izvorne celice - potencial za zdravljenje bolezni

2009-02-02T16:10:00.005+01:00

Izvorne celice (angl. stem cells) ali matične celice so sposobne samoobnovitve in tvorbe specializiranih tipov celic, katere lahko v nadaljnih procesih uporabimo za zdravljenje. Pričakovati je, da se bo to področje v prihodnjih letih pospešeno razvijalo in aktivno preneslo v klinično prakso. Dogajanja na omenjenem področju bo mogoče spremljati preko Ameriškega inštituta za zdravje (NIH).

Človeški genom

2009-01-29T09:49:00.014+01:00

Image via Wikipedia

29.01.2009, Borut Jerman
Preiskave humane DNA se danes izvajajo tako v zdravstve, raziskovalne kot tudi forenzične namene. Cilji, ki si jih raziskovalci na področju osebnostne genomike zastavljajo je določiti zadostno število človeških genomov, ki nam bodo omogočili vpogled v variabilnost, ki bi lahko služila predvsem pri reševanju zdravstvenih težav.

Podjetja, ki posameznikom nudijo storitev analize celotnega genoma, ne določujejo celotnega zaporedja (velikosti 2,810 Mbp), temveč preiskujejo polimorfizme na posameznih nukleotidih (SNP).

SNP predstavlja najbolj zastopan razred človeških polimorfizmov v DNA. Težko je napovedati, kolikšno je končno število vseh SNP v človeškem genomu. V različnih javnih in zasebnih podatkovnih bazah je zbranih več kot 5 milijonov SNPov in približno 4 milijone SNPov je bilo do danes že validiranih. Analize SNP so naredili znotraj populacij in med populacijami. Pri tem je bilo ugotovljeno, da so mesta, kjer je prisoten SNP, lahko polimorfna v eni populaciji, oziroma med različnimi populacijami. Z vidika medicinskih raziskav so SNPi uporabni kot molekularni označevalci, ki so lahko povezani s kompleksnimi (multifaktorskimi) boleznimi in kažejo velik potencial in osnovo za farmakogenomske študije. Na osnovi farmakogenomskih študij se predpostavlja, da bo mogoče predvideti odziv posameznika na določeno zdravilo ter s tem izbrati posamezniku najustreznejši način zdravljenja. Prav tako bo mogoče lažje določiti molekularne označevalce, ki bodo pojasnili ozadje fenomena, ki je povezan s sedaj znanimi primeri identičnih mutacij in fenotipskih variacij. Mapiranje človeškega genoma in določitev SNP je pripeljalo do razvoja haplotipske mape, kar omogoča boljše definiranje človeškega genoma in samo variabilnost v genomu.

Osebna genomika

2009-01-23T15:37:00.008+01:00

Osebna genomika je izraz, ki se nanaša na določitev zaporedja DNA posameznika, kar vključuje kodo genomske DNA in mitohondrijske DNA in s tem povezane analize. Do danes kot poročajo revije Nature in Science je napredek določevanja celotnih genomov in regij, ki so bolj zanimive (bolje razumljene) vse hitrejši. Trenutno javno dostopna zaporedja si lahko ogledamo preko Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI), evropskega inštituta za bioinformatiko (EBI) in preko spletne strani projekta 1000 genomes, keterega cilj je določili genome približno 1000 posameznikov.

Biotehnologija in mikrobiologija za prihodnost

2009-01-23T15:04:00.009+01:00

Prihodnji teden bo na Biotehniški fakulteti (BF), Univerze v Ljubljani (UL) potekala zanimiva konferenca na temo: Biotehnologija in mikrobiologija za prihodnost - protimikrobne snovi.
Protimikrobne snovi (antibiotiki) so gotovo eden največjih dosežkov prejšnega stoletja. Antibiotiki so nizkomolekularne kemijske snovi, ki s svojim delovanjem uničujejo mikroorganizme (delujejo baktericidno) ali pa zavirajo njihovo rast (delujejo bakteriostatično). Preprečujejo normalno delovanje bakterije, bodisi z delovanjem na celično steno, citoplazmatsko membrano, biosintezo proteinov ali biosintezo nukleinskih kislin (Madigan in Martinko, 2006).

Bioznanost in bioindustrija - se res srečata?

2009-01-19T14:48:00.006+01:00

Bioznanost - nova (spo)znanja s področij biologije, mikrobiologije, biomedicine, biotehnologije, genetike, -omike..., temelji izključno na objektivnih znanstvenih odkritjih.

Bioindustrija - industrija, ki nova (spo)znanja in dosežke bioznanosti družbeno in ekonomsko osmisli in ovrednoti. Je verjetno ključna vez med znanostjo in posameznikom.

Definiciji naj služita bralcu le za lažje razumevanje vsebin.

Uvodne misli

2009-01-19T14:37:00.004+01:00

Bioznanost in bioindustrija sta brez dvoma vse pomembnejši tako za svet kot tudi za Slovenijo. Z željo spremljati dogajanja na omenjenih področjih, kaj vse že obstaja in kje o tem izvedeti več, bo blog imenovan BioNovice verjetno pravi virtualni kraj.